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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004394

染色体: Chr01 坐标: 62105063-62109085 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004394
名称SmilChr01G004394
描述U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4-like protein
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62105063 - 62109085 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001636
GeneID131001636
locus_tag-
NCBI NameLOC131001636
原始查询LOC131001636

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4-like protein
产物U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4-like protein
ArabidopsisAT2G41500 (LIS)
WD-40 repeat family protein / small nuclear ribonucleoprotein Prp4p-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818748]
identity=65.7; qcov=0.86; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0355200 (OsWD40-72)
-
identity=65.9; qcov=0.813; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005515 (protein binding); GO:0017070 (U6 snRNA binding); GO:0030621 (U4 snRNA binding); GO:0046540 (U4/U6 x U5 tri-snRNP complex)
KEGGsmil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00400 (WD40); PF08799 (PRP4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001636

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784169.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057784169.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057784169.1
4 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057784169.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784169.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62106395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C41
Chr1:62106399 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 152 A1,A11,A15,A16,A19,A21,A25,A3,A5,A6,A7,A9,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B107,B109,B11,B111,B112,B118,B119,B12,B121,B122,B124,B125,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B137,B138,B14,B15,B16,B21,B23,B24,B25,B26,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B38,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B5,B50,B56,B57,B58,B61,B66,B67,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B82,B83,B84,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B95,B96,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C2,C21,C22,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C40,C41,C42,C43,C44,C47,C50,C53,C54,C55,C56,C57,C6,C60,C62,C64,C66,C69,C7,C71,C73,C74,C76,C8,C80,C83,C84,C86,C87,D1,D11,D2,D3,D4,D5,D7,D8,D9
Chr1:62106472 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A5,B137
Chr1:62106472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B137
Chr1:62106536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B136
Chr1:62106538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B137
Chr1:62106550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B137
Chr1:62106626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr1:62106643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,D8
Chr1:62106695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B137
Chr1:62106736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:62106776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B4,C27,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784169.1
573 aa
N
1
286
573
PRP4
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF08799 PRP4 147-175 aa PF00400 WD40 282-307 aa PF00400 WD40 313-350 aa PF00400 WD40 354-391 aa PF00400 WD40 401-433 aa PF00400 WD40 439-475 aa PF00400 WD40 480-518 aa PF00400 WD40 523-559 aa
XP_057784178.1
573 aa
N
1
286
573
PRP4
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF08799 PRP4 147-175 aa PF00400 WD40 282-307 aa PF00400 WD40 313-350 aa PF00400 WD40 354-391 aa PF00400 WD40 401-433 aa PF00400 WD40 439-475 aa PF00400 WD40 480-518 aa PF00400 WD40 523-559 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784169.1 Pfam PF08799 PRP4 Domain 147 175 5.5e-12 45.7 pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like
XP_057784169.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 282 307 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784169.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 313 350 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784169.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 354 391 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784169.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 401 433 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784169.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 439 475 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784169.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 480 518 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784169.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 523 559 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784178.1 Pfam PF08799 PRP4 Domain 147 175 5.5e-12 45.7 pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like
XP_057784178.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 282 307 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784178.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 313 350 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784178.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 354 391 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784178.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 401 433 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784178.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 439 475 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784178.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 480 518 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057784178.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 523 559 3e-60 198.8 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928186.1
AACTATCTGTCTCTATTCTATCGTCTGATTTGCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGGTCCGAACGCGCCTCCGGCATCCTCCCCCCGGTCCGACGCGCCCCCGGCAGCCCCATCCCTGAATCCGCGTCTGCTTCCTCCCGCCTAATCTCATCCTCCCCGCGACCCGCCCCTGAATCCCAGTCCGCCACGCCGCCTCCCCCTGTCTGCCGCGCCCGGCGTCTCCTTCCGCCTCCCTCGGTCCGCCGCGCCTCCTAG...
XM_057928195.1
ATCTGTCTCTATTCTATCGTCTGATTTGCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGGTCCGAACGCGCCTCCGGCATCCTCCCCCCGGTCCGACGCGCCCCCGGCAGCCCCATCCCTGAATCCGCGTCTGCTTCCTCCCGCCTAATCTCATCCTCCCCGCGACCCGCCCCTGAATCCCAGTCCGCCACGCCGCCTCCCCCTGTCTGCCGCGCCCGGCGTCTCCTTCCGCCTCCCTCGGTCCGCCGCGCCTCCTAGAATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001636
ATGGACATAGACGAGGAGAATACAGTCACTACTTCAGCTACTGCTTCAGTTTCACCTGCTGGGGATGAACCCATGGATTCTGCTATCAATGCAATGTCACTTCAACCGGTTCAGCCTGCAATTGCACCCACTGCTCCAACCCCAGTGATACCTCCTATTGCCCCAATACCTACTGCACCTCACTCAGTTCCGAGACCATTGGCTCCAATACCTGTCCGCCCTCCGGTCCATAGGCCTCCTCCACCAAAGGGAGATACAAG...
LOC131001636
ATGGACATAGACGAGGAGAATACAGTCACTACTTCAGCTACTGCTTCAGTTTCACCTGCTGGGGATGAACCCATGGATTCTGCTATCAATGCAATGTCACTTCAACCGGTTCAGCCTGCAATTGCACCCACTGCTCCAACCCCAGTGATACCTCCTATTGCCCCAATACCTACTGCACCTCACTCAGTTCCGAGACCATTGGCTCCAATACCTGTCCGCCCTCCGGTCCATAGGCCTCCTCCACCAAAGGGAGATACAAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057784169.1
MDIDEENTVTTSATASVSPAGDEPMDSAINAMSLQPVQPAIAPTAPTPVIPPIAPIPTAPHSVPRPLAPIPVRPPVHRPPPPKGDTRTSDSDSDEEGLGLNRTATGHEYEISEESKLARERQEKAVQELLMKRRTAALAVPTNDNAVRARLRRLGEPITLFGEREMERRDRLRALMAKLDSEGQLEKLMKAHEDEEAGGTVGPSEPEEDIQYPFYTEGSQSLFEARREIAKYSIIKSALRLHRARRKREDPDEDLDAEVD...
XP_057784178.1
MDIDEENTVTTSATASVSPAGDEPMDSAINAMSLQPVQPAIAPTAPTPVIPPIAPIPTAPHSVPRPLAPIPVRPPVHRPPPPKGDTRTSDSDSDEEGLGLNRTATGHEYEISEESKLARERQEKAVQELLMKRRTAALAVPTNDNAVRARLRRLGEPITLFGEREMERRDRLRALMAKLDSEGQLEKLMKAHEDEEAGGTVGPSEPEEDIQYPFYTEGSQSLFEARREIAKYSIIKSALRLHRARRKREDPDEDLDAEVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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