当前解析结果
SmilChr08G002185| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002185 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002185 |
| 描述 | LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.7 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 19731133 - 19732352 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001659 |
|---|---|
| GeneID | 131001659 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001659 |
| 原始查询 | LOC131001659 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.7 |
| 产物 | LEAF RUST 10 DISEASE-RESISTANCE LOCUS RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE-like 2.7 |
| Arabidopsis | AT1G67025 (AT1G67025)wall-associated receptor kinase carboxy-terminal protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843021] identity=29.5; qcov=0.775; evalue=2.39e-23; confidence=low |
| Rice | Os05g0550800- identity=26.6; qcov=0.903; evalue=7.29e-14; confidence=low |
| GO | GO:0030247 (polysaccharide binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13947 (GUB_WAK_bind); PF14380 (WAK_assoc) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001659 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057784204.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057784204.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057784204.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784204.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784204.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:19731553 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,C41,C48 |
Chr8:19731584 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A20 |
Chr8:19731620 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr8:19731839 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B44,B6,C37,C39 |
Chr8:19731885 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B2,B55,C23 |
Chr8:19731896 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:19731930 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C11,C21,C69 |
Chr8:19732019 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B15,B70,C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784204.1PF13947
GUB_WAK_bind 27-91 aa
PF14380
WAK_assoc 172-241 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784204.1 |
Pfam | PF13947 |
GUB_WAK_bind | Domain | 27 | 91 | 1.1e-13 | 52.1 | Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding |
XP_057784204.1 |
Pfam | PF14380 |
WAK_assoc | Domain | 172 | 241 | 1.5e-14 | 55.2 | Wall-associated receptor kinase C-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。