当前解析结果
SmilChr08G002159| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002159 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002159 |
| 描述 | LOB domain-containing protein 40-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 19519029 - 19520076 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001661 |
|---|---|
| GeneID | 131001661 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001661 |
| 原始查询 | LOC131001661 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | LOB domain-containing protein 40-like |
| 产物 | LOB domain-containing protein 40-like |
| Arabidopsis | AT3G02550 (LBD41)LOB domain-containing protein 41 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821112] identity=55; qcov=1.01; evalue=1.38e-87; confidence=high |
| Rice | Os01g0511000- identity=75; qcov=0.451; evalue=1.82e-63; confidence=medium |
| GO | GO:0010468 (regulation of gene expression) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03195 (LOB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001661 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057784206.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784206.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784206.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057784206.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057784206.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:19519427 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B24,B66,B8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784206.1PF03195
LOB 4-102 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784206.1 |
Pfam | PF03195 |
LOB | Family | 4 | 102 | 1.2e-21 | 77.9 | Lateral organ boundaries (LOB) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。