当前解析结果
SmilChr08G002057| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002057 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002057 |
| 描述 | protein WUSCHEL |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 18434433 - 18436091 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001666 |
|---|---|
| GeneID | 131001666 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001666 |
| 原始查询 | LOC131001666 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein WUSCHEL |
| 产物 | protein WUSCHEL |
| Arabidopsis | AT2G17950 (WUS)Homeodomain-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816305] identity=38.5; qcov=1.12; evalue=4.78e-48; confidence=medium |
| Rice | Os04g0663600 (WOX1)- identity=78.6; qcov=0.281; evalue=6.09e-36; confidence=weak |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0099402 (plant organ development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00046 (Homeodomain) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001666 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057784211.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784211.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784211.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057784211.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057784211.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:18434750 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B54,B80,C48 |
Chr8:18434752 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B123,B140,C82 |
Chr8:18434780 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr8:18434828 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B7,B80,C48 |
Chr8:18435506 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784211.1PF00046
Homeodomain 30-90 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784211.1 |
Pfam | PF00046 |
Homeodomain | Domain | 30 | 90 | 1e-13 | 51.6 | Homeodomain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。