Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002136

染色体: Chr08 坐标: 19242169-19245738 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002136
名称SmilChr08G002136
描述general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1-3-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19242169 - 19245738 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001686
GeneID131001686
locus_tag-
NCBI NameLOC131001686
原始查询LOC131001686

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1-3-like
产物general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1-3-like
ArabidopsisAT3G61420 (AT3G61420)
BSD domain (BTF2-like transcription factors, Synapse-associated proteins and DOS2-like proteins) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825315]
identity=49.1; qcov=0.462; evalue=7.67e-09; confidence=low
RiceOs08g0338200
-
identity=49.1; qcov=0.462; evalue=1.83e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001686

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057784237.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057784237.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057784243.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784237.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784237.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19244052 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 159 A1,A10,A11,A14,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A4,A5,A6,A7,B1,B100,B101,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B111,B112,B113,B117,B121,B122,B124,B128,B129,B13,B130,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B15,B16,B17,B18,B19,B20,B22,B24,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B34,B36,B37,B39,B40,B41,B44,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B6,B60,B62,B63,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B81,B84,B85,B87,B88,B89,B9,B93,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C16,C18,C21,C23,C25,C26,C27,C29,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C39,C41,C42,C45,C46,C48,C53,C55,C56,C58,C59,C6,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C75,C76,C78,C79,C80,C81,C83,C85,D1,D11,D2,D4,D6,D7,D9
Chr8:19244127 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 240 A1,A11,A13,A14,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr8:19244130 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 240 A1,A11,A13,A14,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr8:19244212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B135,B40,C33
Chr8:19244273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:19244279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:19244299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr8:19244507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B64
Chr8:19244517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr8:19244961 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 255 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr8:19244993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:19244995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928262.1
GCCAAAGCAGCGGCCAGCATTAAAAAATGAAATGTGGACTGTGAAACCTTTATCCGATGGCCCGGTAAAAAGAACCATCCTTGCAAAGCTCCAGTATGTGCATAGTTGAGCATGCAACTATATGCTTGTCTTGATGATATGCTGGCGAATGAAGCTCGGAGGAAGGCAAGTTCATTTGAGATTAGGCATGTTGATCCAACTGTGGACGTTGAAGCTGATGAGGGTGATGATTACACACATGACACATCTCCCGGTAAATT...
XM_057928261.1
GCCAAAGCAGCGGCCAGCATTAAAAAATGAAATGTGGACTGTGAAACCTTTATCCGATGGCCCGGTAAAAAGAACCATCCTTGCAAAGCTCCAGTATGTGCATAGTTGAGCATGCAACTATATGCTTGTCTTGATGATATGCTGGCGAATGAAGCTCGGAGGAAGGCAAGTTCATTTGAGATTAGGCATGTTGATCCAACTGTGGACGTTGAAGCTGATGAGGGTGATGATTACACACATGACACATCTCCCGGTAAATT...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131001686
ATGCAACTATATGCTTGTCTTGATGATATGCTGGCGAATGAAGCTCGGAGGAAGGCAAGTTCATTTGAGATTAGGCATGTTGATCCAACTGTGGACGTTGAAGCTGATGAGGGTGATGATTACACACATGACACATCTCCCGGTAAATTTGATCTGCTCATATCTGATCATGGGCTAGTTCGTGATATGTGTGTGATCTTTCTCGCAATCAGCATTCTGCAGTTGTTCTTCAGGGACGAGTTGTGGAAGCCCTTTCCAGG...
LOC131001686
ATGCAACTATATGCTTGTCTTGATGATATGCTGGCGAATGAAGCTCGGAGGAAGGCAAGTTCATTTGAGATTAGGCATGTTGATCCAACTGTGGACGTTGAAGCTGATGAGGGTGATGATTACACACATGACACATCTCCCGGTAAATTTGATCTGCTCATATCTGATCATGGGCTAGTTCGTGATATGTGTGTGATCTTTCTCGCAATCAGCATTCTGCAGTTGTTCTTCAGGGACGAGTTGTGGAAGCCCTTTCCAGG...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057784237.1
MQLYACLDDMLANEARRKASSFEIRHVDPTVDVEADEGDDYTHDTSPGKFDLLISDHGLVRDMCVIFLAISILQLFFRDELWKPFPGKSRVGALSTSLAILMDSNTAHFPDLVMSWLINIQYIFAAELSDDKSNTNLEKMLSNRISPSAEIEDFQGPRDLAVAPHNKLHLTPRAINFECLNSL
XP_057784238.1
MQLYACLDDMLANEARRKASSFEIRHVDPTVDVEADEGDDYTHDTSPGKFDLLISDHGLVRDMCVIFLAISILQLFFRDELWKPFPGKSRVGALSTSLAILMDSNTAHFPDLVMSWLINIQYIFAAELSDDKSNTNLEKMLSNRISPSAEIEDFQGPRDLAVAPHNKLHLTPRAINFECLNSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器