同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002183

染色体: Chr08 坐标: 19724001-19724894 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002183
名称SmilChr08G002183
描述uncharacterized SmilChr08G002183
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19724001 - 19724894 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001687
GeneID131001687
locus_tag-
NCBI NameLOC131001687
原始查询LOC131001687

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述50S ribosomal protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831478]; symbol=AT5G16200; hit=AT5G16200; species=arabidopsis; confidence=low
产物50S ribosomal protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831478]; symbol=AT5G16200; hit=AT5G16200; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G16200 (AT5G16200)
50S ribosomal protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831478]
identity=36.31; qcov=1.0; evalue=6.6e-17; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001687

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784246.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057784246.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057784246.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19724349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B24,B88,C11,C21,C69
Chr8:19724391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B70,C15,C61
Chr8:19724496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr8:19724520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B24,B88,C11,C21,C69
Chr8:19724671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr8:19724737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928263.1
ACCGCCACCCCTCCCCTCCGTATTCTGAATTATTCTCCTTCCACTCCTTCTCTCTCTCTCTTCACTCACTCCCATAATTATAAATATATAAATATAAACAAGCAAGGAATTATTCCATGCCCATCCCTTCCTTCCCTTCACAACATCCCAATTCTCACTTTTCCCCTCTCCCCCTCTAACTATTATTCCAATCCCTAATCCCTCTTTATCTTATTTGCCTCCGATTTCCTCACCCACTGAAACTAAATCCACAAATCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001687
ATGGCAACTCTGCAGAAATTCAAGCTACTGGCGACACAGTGCGCGGTCGCCGCCAGTCCTACCAGGAGTCCGTCCGCGAGTCCAGTGATCCATCTCCGCCGGAGAAAAACACTCCGAATGCTGCTCAGCCGCGTCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGAGACGGCTGCCTCCGCGGTGCTGTGACGCCTCCTCGGGTCAGATGGGGAGCAGCGACAAGAGAAGCGCGCCGGAGAAGGGGAAAGAGTCGTTAGTAAGAAACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784246.1
MATLQKFKLLATQCAVAASPTRSPSASPVIHLRRRKTLRMLLSRVGGGGGGGRRLPPRCCDASSGQMGSSDKRSAPEKGKESLVRNKLKDLFVSSPPPLAEAVSENVRELLLPSGGELRRGSGRSLRPLSATFRQRLLLRRAWRPVLVGIPE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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