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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002158

染色体: Chr08 坐标: 19506999-19508997 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002158
名称SmilChr08G002158
描述uncharacterized SmilChr08G002158
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19506999 - 19508997 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001698
GeneID131001698
locus_tag-
NCBI NameLOC131001698
原始查询LOC131001698

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Lactoylglutathione lyase / glyoxalase I family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834167]; symbol=AT5G41650; hit=AT5G41650; species=arabidopsis; confidence=high
产物Lactoylglutathione lyase / glyoxalase I family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834167]; symbol=AT5G41650; hit=AT5G41650; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G41650 (AT5G41650)
Lactoylglutathione lyase / glyoxalase I family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834167]
identity=73.7; qcov=1; evalue=6.28e-62; confidence=high
RiceOs06g0158700 (KMK0024M20.36)
-
identity=70.8; qcov=0.958; evalue=1.03e-59; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00903 (Glyoxalase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001698

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057784258.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057784258.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784258.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784258.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784258.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19507468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B68,B90,B92
Chr8:19507483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr8:19507502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B30,B71,C11,C69
Chr8:19507535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B53,C60,D6
Chr8:19508356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B71,C11,C69,C80
Chr8:19508451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:19508545 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 16 A1,B100,B106,B140,B15,B26,B36,B47,B68,B90,B92,C1,C15,C27,C39,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784258.1
135 aa
N
1
68
135
Glyoxalase
C
PF00903 Glyoxalase 27-129 aa
XP_057784259.1
135 aa
N
1
68
135
Glyoxalase
C
PF00903 Glyoxalase 27-129 aa
XP_057784260.1
118 aa
N
1
59
118
Glyoxalase
C
PF00903 Glyoxalase 11-112 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784258.1 Pfam PF00903 Glyoxalase Domain 27 129 1.1e-09 39.4 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily
XP_057784259.1 Pfam PF00903 Glyoxalase Domain 27 129 1.1e-09 39.4 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily
XP_057784260.1 Pfam PF00903 Glyoxalase Domain 11 112 7.2e-10 40.0 Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928275.1
AATTATTTTAATTGACTCAATAATAAAACCAAACACAGTAGGTGAATCGCAGACGTATAACTAATACACTCACAACGCCGCCGACCCGACGCTTCATCCTCCGACCTCGAAGCCGCTTTGCCGTCCGCCAACGACAGAGTCACTTCCACATTCAGCGTTTTCCTGGTTCGATGAAGAGAAGCCGCAAACCTCATGGCTATTTTCTCTGCATTTCGTGGCTGGTGGAGGTCGATAGAGTTGGTAATGGCGGCAGCGAATTT...
XM_057928276.1
ATTGACTCAATAATAAAACCAAACACAGTAGGTGAATCGCAGACGTATAACTAATACACTCACAACGCCGCCGACCCGACGCTTCATCCTCCGACCTCGAAGCCGCTTTGCCGTCCGCCAACGACAGAGTCACTTCCACATTCAGCGTGTAATTTCCTGGTTCGATGAAGAGAAGCCGCAAACCTCATGGCTATTTTCTCTGCATTTCGTGGCTGGTGGAGGTCGATAGAGTTGGTAATGGCGGCAGCGAATTTCAGATA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131001698
ATGGCTATTTTCTCTGCATTTCGTGGCTGGTGGAGGTCGATAGAGTTGGTAATGGCGGCAGCGAATTTCAGATACTTGGTGCAGCTACACAGAGACGTTCCCAAAGCCGCCAGATTTTATTCGGAGGGCCTTGGTTTCACCATTGATGTCTGCACTCTCCGATGGGCTGAGCTCCACTCCGGCCCGCTCAAGCTCGCCCTTCTCCATTCTTCTACTCGCGACCATGTTGAACACAAGGGTTATTCATCGCTGCTATCATT...
LOC131001698
ATGGCTATTTTCTCTGCATTTCGTGGCTGGTGGAGGTCGATAGAGTTGGTAATGGCGGCAGCGAATTTCAGATACTTGGTGCAGCTACACAGAGACGTTCCCAAAGCCGCCAGATTTTATTCGGAGGGCCTTGGTTTCACCATTGATGTCTGCACTCTCCGATGGGCTGAGCTCCACTCCGGCCCGCTCAAGCTCGCCCTTCTCCATTCTTCTACTCGCGACCATGTTGAACACAAGGGTTATTCATCGCTGCTATCATT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057784258.1
MAIFSAFRGWWRSIELVMAAANFRYLVQLHRDVPKAARFYSEGLGFTIDVCTLRWAELHSGPLKLALLHSSTRDHVEHKGYSSLLSFTVTDINSTVTKLMTLGAELDGPIKHEIHGKVAAMRSADGHVLGLYEPA
XP_057784259.1
MAIFSAFRGWWRSIELVMAAANFRYLVQLHRDVPKAARFYSEGLGFTIDVCTLRWAELHSGPLKLALLHSSTRDHVEHKGYSSLLSFTVTDINSTVTKLMTLGAELDGPIKHEIHGKVAAMRSADGHVLGLYEPA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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