Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002111`

染色体: Chr08 坐标: 18956484-18957303 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002111`
名称	SmilChr08G002111
描述	protein IQ-DOMAIN 20
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	18956484 - 18957303 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001701`
GeneID	`131001701`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001701`
原始查询	`LOC131001701`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein IQ-DOMAIN 20
产物	protein IQ-DOMAIN 20
Arabidopsis	`AT3G51380` (IQD20) IQ-domain 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824301] identity=75; qcov=0.515; evalue=1.36e-30; confidence=medium
Rice	`Os03g0134800` - identity=50.5; qcov=0.78; evalue=2.58e-26; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00612 (IQ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001701

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057784264.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057784264.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784264.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784264.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057784264.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:18956774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B16
`Chr8:18956793`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,B47
`Chr8:18956825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,B106,C81
`Chr8:18956844`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,B47
`Chr8:18957155`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,B47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784264.1

132 aa

132

PF00612 IQ 66-85 aa PF00612 IQ 89-107 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784264.1`	Pfam	`PF00612`	IQ	Motif	66	85	1.8e-08	34.2	IQ calmodulin-binding motif
`XP_057784264.1`	Pfam	`PF00612`	IQ	Motif	89	107	1.8e-08	34.2	IQ calmodulin-binding motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928281.1
CTCAACTTCAACATCCATCACCTCTCATCAAAACATCATATTTCAGATAAACATGGGCCGGCACAAAGACCATCCATGGTGGAGGGCCATTCCGAGGAAACTTTTCCGGTCATCGCCGTCGCATAGCCATCCCGACGACAGCAACGCCGCTGTTGTCCTCCACACAAACAATGGCAACTTCAGCCAAGAACTCAACAGCAGCCCACAAGAAGAGAATGCCGGTTCAGATTTCCTGTCCAAGGAAGACATGGCAGCCATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001701
ATGGGCCGGCACAAAGACCATCCATGGTGGAGGGCCATTCCGAGGAAACTTTTCCGGTCATCGCCGTCGCATAGCCATCCCGACGACAGCAACGCCGCTGTTGTCCTCCACACAAACAATGGCAACTTCAGCCAAGAACTCAACAGCAGCCCACAAGAAGAGAATGCCGGTTCAGATTTCCTGTCCAAGGAAGACATGGCAGCCATTACAATCCAATCATGCTTTCGGGGTCATCTTGCGAGACGAGCTTATAAGGCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784264.1
MGRHKDHPWWRAIPRKLFRSSPSHSHPDDSNAAVVLHTNNGNFSQELNSSPQEENAGSDFLSKEDMAAITIQSCFRGHLARRAYKALRSLVRLQALVRGVIVRRQARIALDCMHALARLQITVRARQLLLNN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器