Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002091`

染色体: Chr08 坐标: 18798638-18799829 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002091`
名称	SmilChr08G002091
描述	thiosulfate sulfurtransferase 18
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	18798638 - 18799829 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001702`
GeneID	`131001702`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001702`
原始查询	`LOC131001702`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	thiosulfate sulfurtransferase 18
产物	thiosulfate sulfurtransferase 18
Arabidopsis	`AT5G66170` (STR18) sulfurtransferase 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836749] identity=55.3; qcov=0.884; evalue=4.73e-45; confidence=medium
Rice	`Os02g0102300` (STR5) - identity=59.3; qcov=0.915; evalue=5.17e-48; confidence=medium
GO	GO:0003824 (catalytic activity)
KEGG	-
Pfam	PF00581 (Rhodanese)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001702

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057784265.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057784265.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784265.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784265.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784265.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:18798751`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B108,C46,C8
`Chr8:18798751`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B108,C46,C8
`Chr8:18798823`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:18798843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C71,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784265.1

130 aa

130

Rhodanese

PF00581 Rhodanese 20-116 aa

XP_057784266.1

129 aa

129

Rhodanese

PF00581 Rhodanese 19-115 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784265.1`	Pfam	`PF00581`	Rhodanese	Domain	20	116	2.7e-14	54.2	Rhodanese-like domain
`XP_057784266.1`	Pfam	`PF00581`	Rhodanese	Domain	19	115	2.6e-14	54.2	Rhodanese-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928282.1
AATTAGTGAGAGCTCTCAAATATGTATACCTATATATAATATAGATAGATTGAATCAAACATCGAAATTCACATCATATATAAAACGCAACCAAAACTCTATCTCTACTGCTTCAATTCATTTCCTCTGCTGCAAATTTCAATAATACCGTCTTCCATTTTCATGGATATCGTCAAGAAAAGCAGTGGAGCTGAAGTAATCACTGTGGATATCAATGCAGCTAAAGATCTGCTCACTCATGGCCACCGCTATCTTGATGT...

XM_057928283.1
TATACCTATATATAATATAGATAGATTGAATCAAACATCGAAATTCACATCATATATAAAACGCAACCAAAACTCTATCTCTACTGCTTCAATTCATTTCCTCTGCTGCAAATTTCAATAATACCGTCTTCCATTTTCATGGATATCGTCAAGAAAAGTGGAGCTGAAGTAATCACTGTGGATATCAATGCAGCTAAAGATCTGCTCACTCATGGCCACCGCTATCTTGATGTTAGGACTGAAGAAGAATTCAAGAAAGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001702
ATGGATATCGTCAAGAAAAGTGGAGCTGAAGTAATCACTGTGGATATCAATGCAGCTAAAGATCTGCTCACTCATGGCCACCGCTATCTTGATGTTAGGACTGAAGAAGAATTCAAGAAAGGTCATCTGGAGAATGCTTTGAACATTCCTTACATGTTTAGTACTCCAGAAGGCAGGGTGAAAAATCCCAAGTTCTTGGAGCAGGTTATGGCCATTTGTGGCAAGGAAGATAATCTTGTAGTGGGTTGCCAAAGTGGGGT...

LOC131001702
ATGGATATCGTCAAGAAAAGCAGTGGAGCTGAAGTAATCACTGTGGATATCAATGCAGCTAAAGATCTGCTCACTCATGGCCACCGCTATCTTGATGTTAGGACTGAAGAAGAATTCAAGAAAGGTCATCTGGAGAATGCTTTGAACATTCCTTACATGTTTAGTACTCCAGAAGGCAGGGTGAAAAATCCCAAGTTCTTGGAGCAGGTTATGGCCATTTGTGGCAAGGAAGATAATCTTGTAGTGGGTTGCCAAAGTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057784265.1
MDIVKKSSGAEVITVDINAAKDLLTHGHRYLDVRTEEEFKKGHLENALNIPYMFSTPEGRVKNPKFLEQVMAICGKEDNLVVGCQSGVRSVYATRDLLDAEFKRVLNMGGGYIAWVGNGFAVKKSDNVEI

XP_057784266.1
MDIVKKSGAEVITVDINAAKDLLTHGHRYLDVRTEEEFKKGHLENALNIPYMFSTPEGRVKNPKFLEQVMAICGKEDNLVVGCQSGVRSVYATRDLLDAEFKRVLNMGGGYIAWVGNGFAVKKSDNVEI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器