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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002206

染色体: Chr08 坐标: 19970369-19980564 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002206
名称SmilChr08G002206
描述DNA ligase 6
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向19970369 - 19980564 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001739
GeneID131001739
locus_tag-
NCBI NameLOC131001739
原始查询LOC131001739

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA ligase 6
产物DNA ligase 6
ArabidopsisAT1G66730 (LIG6)
DNA LIGASE 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842991]
identity=54.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0489200
-
identity=37.8; qcov=0.344; evalue=5.46e-86; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003910 (DNA ligase (ATP) activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006273 (lagging strand elongation); GO:0006281 (DNA repair); GO:0006310 (DNA recombination); GO:0071897 (DNA biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF01068 (DNA_ligase_A_M); PF04675 (DNA_ligase_A_N); PF04679 (DNA_ligase_A_C); PF07522 (DRMBL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001739

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784282.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784282.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784282.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784282.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057784282.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:19970542 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:19970592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr8:19971691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B9,B99,C87
Chr8:19973755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A7,B135,C33
Chr8:19974436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B9,B99,C87
Chr8:19974610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,B94
Chr8:19975357 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B1
Chr8:19975357 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B1
Chr8:19977212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:19977430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,A25,B124,C70
Chr8:19978348 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 D6
Chr8:19978348 CAG C 2bp_deletion CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784282.1
1409 aa
N
1
704
1409
DRMBL
DNA_ligase_A_N
DNA_ligase_A_M
DNA_ligase_A_C
C
PF07522 DRMBL 281-382 aa PF04675 DNA_ligase_A_N 790-966 aa PF01068 DNA_ligase_A_M 1030-1250 aa PF04679 DNA_ligase_A_C 1276-1381 aa
XP_057784284.1
1407 aa
N
1
704
1407
DRMBL
DNA_ligase_A_N
DNA_ligase_A_M
DNA_ligase_A_C
C
PF07522 DRMBL 281-382 aa PF04675 DNA_ligase_A_N 788-964 aa PF01068 DNA_ligase_A_M 1028-1248 aa PF04679 DNA_ligase_A_C 1274-1379 aa
XP_057784285.1
1403 aa
N
1
702
1403
DRMBL
DNA_ligase_A_N
DNA_ligase_A_M
DNA_ligase_A_C
C
PF07522 DRMBL 281-382 aa PF04675 DNA_ligase_A_N 784-960 aa PF01068 DNA_ligase_A_M 1024-1244 aa PF04679 DNA_ligase_A_C 1270-1375 aa
XP_057784286.1
1206 aa
N
1
603
1206
DRMBL
DNA_ligase_A_N
DNA_ligase_A_M
C
PF07522 DRMBL 281-382 aa PF04675 DNA_ligase_A_N 790-966 aa PF01068 DNA_ligase_A_M 1030-1192 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784282.1 Pfam PF07522 DRMBL Domain 281 382 2.2e-20 73.6 DNA repair metallo-beta-lactamase
XP_057784282.1 Pfam PF04675 DNA_ligase_A_N Family 790 966 1e-42 147.0 DNA ligase N terminus
XP_057784282.1 Pfam PF01068 DNA_ligase_A_M Domain 1030 1250 6.9e-50 170.3 ATP dependent DNA ligase domain
XP_057784282.1 Pfam PF04679 DNA_ligase_A_C Domain 1276 1381 4.4e-16 59.8 ATP dependent DNA ligase C terminal region
XP_057784284.1 Pfam PF07522 DRMBL Domain 281 382 2.1e-20 73.6 DNA repair metallo-beta-lactamase
XP_057784284.1 Pfam PF04675 DNA_ligase_A_N Family 788 964 1e-42 147.0 DNA ligase N terminus
XP_057784284.1 Pfam PF01068 DNA_ligase_A_M Domain 1028 1248 6.9e-50 170.3 ATP dependent DNA ligase domain
XP_057784284.1 Pfam PF04679 DNA_ligase_A_C Domain 1274 1379 4.4e-16 59.8 ATP dependent DNA ligase C terminal region
XP_057784285.1 Pfam PF07522 DRMBL Domain 281 382 2.1e-20 73.6 DNA repair metallo-beta-lactamase
XP_057784285.1 Pfam PF04675 DNA_ligase_A_N Family 784 960 1e-42 147.0 DNA ligase N terminus
XP_057784285.1 Pfam PF01068 DNA_ligase_A_M Domain 1024 1244 6.8e-50 170.3 ATP dependent DNA ligase domain
XP_057784285.1 Pfam PF04679 DNA_ligase_A_C Domain 1270 1375 4.3e-16 59.8 ATP dependent DNA ligase C terminal region
XP_057784286.1 Pfam PF07522 DRMBL Domain 281 382 1.7e-20 73.9 DNA repair metallo-beta-lactamase
XP_057784286.1 Pfam PF04675 DNA_ligase_A_N Family 790 966 8e-43 147.3 DNA ligase N terminus
XP_057784286.1 Pfam PF01068 DNA_ligase_A_M Domain 1030 1192 2.3e-38 132.6 ATP dependent DNA ligase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009094014.1
AGGGAAGAAACGATACCGGTGCAATTACAGTCGTGGATGATCGGGCTTGCGATTCAATGTCCGCTTCCAAACCGCTCATGTTAACCACCGCCGCCCTCCACAGCGCCGCCCTCTCCTCCCTCTCTCTGCCGCCCCCGCCACCACCCGGTTGCCCCCTCACCTCTCCCCCCGCCTCCCTCCCCTATTCTAAACTCATTCCCCGTACCCGCTTCATCGTCGACGGCTTCAAACATGCCGACCCCAATTTCTCCGTCTCTTAC...
XM_057928302.1
AGGGAAGAAACGATACCGGTGCAATTACAGTCGTGGATGATCGGGCTTGCGATTCAATGTCCGCTTCCAAACCGCTCATGTTAACCACCGCCGCCCTCCACAGCGCCGCCCTCTCCTCCCTCTCTCTGCCGCCCCCGCCACCACCCGGTTGCCCCCTCACCTCTCCCCCCGCCTCCCTCCCCTATTCTAAACTCATTCCCCGTACCCGCTTCATCGTCGACGGCTTCAAACATGCCGACCCCAATTTCTCCGTCTCTTAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131001739
ATGTCCGCTTCCAAACCGCTCATGTTAACCACCGCCGCCCTCCACAGCGCCGCCCTCTCCTCCCTCTCTCTGCCGCCCCCGCCACCACCCGGTTGCCCCCTCACCTCTCCCCCCGCCTCCCTCCCCTATTCTAAACTCATTCCCCGTACCCGCTTCATCGTCGACGGCTTCAAACATGCCGACCCCAATTTCTCCGTCTCTTACTTCCTCTCCCACTTCCACTCCGATCACTACACCGGCCTCTCGCCTCAGTGGACTAG...
LOC131001739
ATGTCCGCTTCCAAACCGCTCATGTTAACCACCGCCGCCCTCCACAGCGCCGCCCTCTCCTCCCTCTCTCTGCCGCCCCCGCCACCACCCGGTTGCCCCCTCACCTCTCCCCCCGCCTCCCTCCCCTATTCTAAACTCATTCCCCGTACCCGCTTCATCGTCGACGGCTTCAAACATGCCGACCCCAATTTCTCCGTCTCTTACTTCCTCTCCCACTTCCACTCCGATCACTACACCGGCCTCTCGCCTCAGTGGACTAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057784282.1
MSASKPLMLTTAALHSAALSSLSLPPPPPPGCPLTSPPASLPYSKLIPRTRFIVDGFKHADPNFSVSYFLSHFHSDHYTGLSPQWTSGIIYCSATTATLLHQILNIPQQLIFPLPLAQTVLIDGSQVWLVDANHCPGAVQFLFKVPASCGGGAGSSSGSIVRFDKYVHTGDFRYSEEMKNESVISEFVGADAVFLDTTYCNPKFVFPSQEESIDYIVGVIERLGVENAGVTAKNVLFLVATYVIGKERILVEISRRCKRK...
XP_057784284.1
MSASKPLMLTTAALHSAALSSLSLPPPPPPGCPLTSPPASLPYSKLIPRTRFIVDGFKHADPNFSVSYFLSHFHSDHYTGLSPQWTSGIIYCSATTATLLHQILNIPQQLIFPLPLAQTVLIDGSQVWLVDANHCPGAVQFLFKVPASCGGGAGSSSGSIVRFDKYVHTGDFRYSEEMKNESVISEFVGADAVFLDTTYCNPKFVFPSQEESIDYIVGVIERLGVENAGVTAKNVLFLVATYVIGKERILVEISRRCKRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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