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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002236

染色体: Chr08 坐标: 20472730-20480656 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002236
名称SmilChr08G002236
描述nodulation receptor kinase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向20472730 - 20480656 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001766
GeneID131001766
locus_tag-
NCBI NameLOC131001766
原始查询LOC131001766

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nodulation receptor kinase-like
产物nodulation receptor kinase-like
ArabidopsisAT2G37050 (AT2G37050)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818281]
identity=35.1; qcov=0.966; evalue=5.82e-141; confidence=medium
RiceOs07g0568100 (SYMRK)
-
identity=57; qcov=0.593; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF11721 (Malectin); PF12819 (Malectin_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001766

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057784315.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784315.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784315.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784315.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784315.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:20473391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr8:20475216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C63,C67
Chr8:20476501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B111,B21,B28,C40
Chr8:20477706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C76,D8
Chr8:20477840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B117,B12
Chr8:20478198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr8:20478320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:20478450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C76,D8
Chr8:20479317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,C42,D7
Chr8:20479374 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784315.1
924 aa
N
1
462
924
Malectin_like
Malectin
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF12819 Malectin_like 37-349 aa PF11721 Malectin 232-309 aa PF00560 LRR_1 455-476 aa PF00069 Pkinase 599-803 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 599-868 aa
XP_057784317.1
923 aa
N
1
462
923
Malectin_like
Malectin
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF12819 Malectin_like 36-348 aa PF11721 Malectin 231-308 aa PF00560 LRR_1 454-475 aa PF00069 Pkinase 598-802 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 598-867 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784315.1 Pfam PF12819 Malectin_like Domain 37 349 1.3e-45 156.9 Malectin-like domain
XP_057784315.1 Pfam PF11721 Malectin Domain 232 309 5.1e-08 33.8 Malectin domain
XP_057784315.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 455 476 4.6e-06 26.4 Leucine Rich Repeat
XP_057784315.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 599 803 5e-41 141.5 Protein kinase domain
XP_057784315.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 599 868 5.7e-46 157.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057784317.1 Pfam PF12819 Malectin_like Domain 36 348 1.3e-45 156.9 Malectin-like domain
XP_057784317.1 Pfam PF11721 Malectin Domain 231 308 5.1e-08 33.8 Malectin domain
XP_057784317.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 454 475 4.5e-06 26.4 Leucine Rich Repeat
XP_057784317.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 598 802 5e-41 141.5 Protein kinase domain
XP_057784317.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 598 867 5.7e-46 157.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928334.1
TCAACTACTCTAAAAACAAACAAATCAGATTAATCATCAAGACTATTAGTTAAAATGATGGTCATTAAATTTATAGTTTCTGTAATTAGAATAATATATCTCTAACCTGTTTTCAATGTTTCAGCATCAACCTCTATAGTCAAACTGGAATATCATCAGAGCTTTCTTCAATTTCTTGTAATGCTTGTCGTTTATGCCCTTTTGTCTTCCCTGAGAAATTCAAACCAGGAAACACCATCAGCTGAATTACCATGCTGTTT...
XM_057928332.1
AGATTAATCATCAAGACTATTAGTTAAAATGATGGTCATTAAATTTATAGTTTCTGTAATTAGAATAATATATCTCTAACCTGTTTTCAATGTTTCAGCATCAACCTCTATAGTCAAACTGGAATATCATCAGAGCTTTCTTCAATTTCTTGTAATGCTTGTCGTTTATGCCCTTTTGTCTTCCCTGAGAAATTCAAACCAGGAAACACCATCAGCTGAATTACCATGCTGTTTTCCTGATCACAGAAGCAAGCAGAACT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001766
ATGATGGAAGCGTTTGATAATGTGAATACATGTTGCATCATTCTCATATTCCTGTTGGTAAATTCAAGTTATGCACAAGAAGGCTTGGTTAGCATTCAGTGTTGCGCTGATACTACATTCACAGATCCGAATACCAGTATTAGCTACATATCAGATGAAAGTTGGTATCCTGATAAGAAAAGTTGCCAAAACACAGTTTGGACTGGGGATGTCAATCAAGAGACTAATGAAGCAAGATATTTTGAGTCGAGATATAACAG...
LOC131001766
ATGATGGAAGCGTTTGATAATGTGAATACATGTTGCATCATTCTCATATTCCTGTTGGTAAATTCAAGTTATGCACAAGAAGCAGGCTTGGTTAGCATTCAGTGTTGCGCTGATACTACATTCACAGATCCGAATACCAGTATTAGCTACATATCAGATGAAAGTTGGTATCCTGATAAGAAAAGTTGCCAAAACACAGTTTGGACTGGGGATGTCAATCAAGAGACTAATGAAGCAAGATATTTTGAGTCGAGATATAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057784315.1
MMEAFDNVNTCCIILIFLLVNSSYAQEAGLVSIQCCADTTFTDPNTSISYISDESWYPDKKSCQNTVWTGDVNQETNEARYFESRYNSKWCYNLPTRSESFYLIRGTFPLSNPQESPSDTFFSVSVSETEIEKVNTSQKQVEGLFKATSNYTNFCLVKGRGEAYLSKLELRPSHPEYLKRYTSSVLKLVDRVDVGNTMAEVRYPDDLYDRIWRSHVYPDSTATYMLPPTTNVNITNPDSIMPPLKVLQTAVTHPERLEFQ...
XP_057784317.1
MMEAFDNVNTCCIILIFLLVNSSYAQEGLVSIQCCADTTFTDPNTSISYISDESWYPDKKSCQNTVWTGDVNQETNEARYFESRYNSKWCYNLPTRSESFYLIRGTFPLSNPQESPSDTFFSVSVSETEIEKVNTSQKQVEGLFKATSNYTNFCLVKGRGEAYLSKLELRPSHPEYLKRYTSSVLKLVDRVDVGNTMAEVRYPDDLYDRIWRSHVYPDSTATYMLPPTTNVNITNPDSIMPPLKVLQTAVTHPERLEFQY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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