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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002253

染色体: Chr08 坐标: 20773514-20776189 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002253
名称SmilChr08G002253
描述probable E3 ubiquitin-protein ligase EDA40
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向20773514 - 20776189 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001779
GeneID131001779
locus_tag-
NCBI NameLOC131001779
原始查询LOC131001779

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable E3 ubiquitin-protein ligase EDA40
产物probable E3 ubiquitin-protein ligase EDA40
ArabidopsisAT4G37890 (EDA40)
Zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829945]
identity=46.3; qcov=1.11; evalue=1.46e-169; confidence=high
RiceOs04g0101800 (SOR1)
-
identity=42.3; qcov=1.12; evalue=3.53e-137; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00092 (VWA); PF13519 (VWA_2); PF13639 (zf-RING_2); PF13768 (VWA_3); PF25243 (WAV3_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001779

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057784340.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057784340.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784340.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784340.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784340.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:20774342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B111,B21,B70
Chr8:20774459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B38,B39,C22
Chr8:20774610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B107
Chr8:20774717 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr8:20774860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:20774909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C77
Chr8:20774972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B123
Chr8:20774976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B14
Chr8:20775085 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C59
Chr8:20775085 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C59
Chr8:20775089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B2,C59
Chr8:20775092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784340.1
655 aa
N
1
328
655
zf-RING_2
VWA
VWA_3
VWA_2
WAV3_C
C
PF13639 zf-RING_2 111-159 aa PF00092 VWA 276-408 aa PF13768 VWA_3 276-416 aa PF13519 VWA_2 277-385 aa PF25243 WAV3_C 535-605 aa
XP_057784341.1
655 aa
N
1
328
655
zf-RING_2
VWA
VWA_3
VWA_2
WAV3_C
C
PF13639 zf-RING_2 111-159 aa PF00092 VWA 276-408 aa PF13768 VWA_3 276-416 aa PF13519 VWA_2 277-385 aa PF25243 WAV3_C 535-605 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784340.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 111 159 1.6e-07 32.2 Ring finger domain
XP_057784340.1 Pfam PF00092 VWA Domain 276 408 6.1e-13 50.1 von Willebrand factor type A domain
XP_057784340.1 Pfam PF13768 VWA_3 Domain 276 416 7.2e-09 36.6 von Willebrand factor type A domain
XP_057784340.1 Pfam PF13519 VWA_2 Domain 277 385 1.4e-13 52.1 von Willebrand factor type A domain
XP_057784340.1 Pfam PF25243 WAV3_C Domain 535 605 1.4e-33 115.2 E3 ubiquitin-protein ligase WAV3-like, C-terminal domain
XP_057784341.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 111 159 1.6e-07 32.2 Ring finger domain
XP_057784341.1 Pfam PF00092 VWA Domain 276 408 6.1e-13 50.1 von Willebrand factor type A domain
XP_057784341.1 Pfam PF13768 VWA_3 Domain 276 416 7.2e-09 36.6 von Willebrand factor type A domain
XP_057784341.1 Pfam PF13519 VWA_2 Domain 277 385 1.4e-13 52.1 von Willebrand factor type A domain
XP_057784341.1 Pfam PF25243 WAV3_C Domain 535 605 1.4e-33 115.2 E3 ubiquitin-protein ligase WAV3-like, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928357.1
AGATTCCCCTTAACCAAACAAAAGAAATTTAGAGAGACGATGATGGGTTTTTGGACTCATCTTTTTGCCTTAATTATGCATTCTGCATCTCTCCTCTGATTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTAATAGAATCGGAGCTTTGAAGGAGAAAGGAAAGGTGTCTTTTTGTTTGTTTTGTTACAAATTAGTTTTGTCTTTCATCGCCTTTGGCTTTGGATCATGCATCGCCTTTTTCCTCTCTGCGTCTTTTAGCCCATCATCTAC...
XM_057928358.1
AGATTCCCCTTAACCAAACAAAAGAAATTTAGAGAGACGATGATGGGTTTTTGGACTCATCTTTTTGCCTTAATTATGCATTCTGCATCTCTCCTCTGATTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTAATAGAATCGGAGCTTTGAAGGAGAAAGGAAAGAGAAAAAGGTTTTCGAAAATGGTTTTGAGCTGGCGTCGAGCCTTCTGCACATCCATTCCCAAAGATGAAGACCGCGCCGCTTCGCCGATCATCACAGACAAACCCAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001779
ATGGTTTTGAGCTGGCGTCGAGCCTTCTGCACATCCATTCCCAAAGATGAAGACCGCGCCGCTTCGCCGATCATCACAGACAAACCCAGTCCCAGGCTCAGGTCCAGATTCACTGGATTTTTCTCCGAGCCGTCCACGCCGCGCCTCCCGGTGTCCAGCCCCTCCCTTCGCTGCACAACCCCCGCCGTGCCGTCCTCCGACAGTCCCAGGCTTCAATGCCGGACTAGGAAGAGCCCCCGATTCTTCCACAGCTCGGCGCC...
LOC131001779
ATGGTTTTGAGCTGGCGTCGAGCCTTCTGCACATCCATTCCCAAAGATGAAGACCGCGCCGCTTCGCCGATCATCACAGACAAACCCAGTCCCAGGCTCAGGTCCAGATTCACTGGATTTTTCTCCGAGCCGTCCACGCCGCGCCTCCCGGTGTCCAGCCCCTCCCTTCGCTGCACAACCCCCGCCGTGCCGTCCTCCGACAGTCCCAGGCTTCAATGCCGGACTAGGAAGAGCCCCCGATTCTTCCACAGCTCGGCGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057784340.1
MVLSWRRAFCTSIPKDEDRAASPIITDKPSPRLRSRFTGFFSEPSTPRLPVSSPSLRCTTPAVPSSDSPRLQCRTRKSPRFFHSSAPCSPRSPSTFSLLKSGLRITKEQSRCGICLQSVKTGQGTAIFTAECGDAFHFPCIAAHMKKQGTGSALACPICSATWKEMHLVETDQQQINPSPEQNKSSVFKVYNDDEPLSSPTSGARFIPIPESDETEEENDDFPGFYVVPDKIKSRNVEVGLLSEAAVVSVGKTSETYAVV...
XP_057784341.1
MVLSWRRAFCTSIPKDEDRAASPIITDKPSPRLRSRFTGFFSEPSTPRLPVSSPSLRCTTPAVPSSDSPRLQCRTRKSPRFFHSSAPCSPRSPSTFSLLKSGLRITKEQSRCGICLQSVKTGQGTAIFTAECGDAFHFPCIAAHMKKQGTGSALACPICSATWKEMHLVETDQQQINPSPEQNKSSVFKVYNDDEPLSSPTSGARFIPIPESDETEEENDDFPGFYVVPDKIKSRNVEVGLLSEAAVVSVGKTSETYAVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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