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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002259

染色体: Chr08 坐标: 20847652-20856964 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002259
名称SmilChr08G002259
描述probable starch synthase 4, chloroplastic/amyloplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向20847652 - 20856964 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001784
GeneID131001784
locus_tag-
NCBI NameLOC131001784
原始查询LOC131001784

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable starch synthase 4, chloroplastic/amyloplastic
产物probable starch synthase 4%2C chloroplastic/amyloplastic
ArabidopsisAT5G65685 (AT5G65685)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836698]
identity=61.8; qcov=0.632; evalue=8.38e-174; confidence=high
RiceOs02g0807100
-
identity=51.9; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGGsmil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF08323 (Glyco_transf_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001784

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057784354.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057784357.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057784359.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057784359.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057784359.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:20849101 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 5 B138,B92,C21,C7,C73
Chr8:20849101 G GA 1bp_insertion CDS_variant 5 B138,B92,C21,C7,C73
Chr8:20849557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B137
Chr8:20849616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,C50
Chr8:20849665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr8:20849667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B70
Chr8:20849674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B24,B38,B39,C22
Chr8:20850481 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr8:20852009 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B15,C66
Chr8:20852009 G GC 1bp_insertion CDS_variant 2 B15,C66
Chr8:20852252 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C47
Chr8:20852252 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784354.1
683 aa
N
1
342
683
Glyco_transf_5
C
PF08323 Glyco_transf_5 202-442 aa
XP_057784355.1
683 aa
N
1
342
683
Glyco_transf_5
C
PF08323 Glyco_transf_5 202-442 aa
XP_057784357.1
650 aa
N
1
325
650
Glyco_transf_5
C
PF08323 Glyco_transf_5 202-409 aa
XP_057784358.1
638 aa
N
1
319
638
Glyco_transf_5
C
PF08323 Glyco_transf_5 207-397 aa
XP_057784359.1
622 aa
N
1
311
622
Glyco_transf_5
C
PF08323 Glyco_transf_5 141-381 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784354.1 Pfam PF08323 Glyco_transf_5 Domain 202 442 1.5e-34 120.5 Starch synthase catalytic domain
XP_057784355.1 Pfam PF08323 Glyco_transf_5 Domain 202 442 1.5e-34 120.5 Starch synthase catalytic domain
XP_057784357.1 Pfam PF08323 Glyco_transf_5 Domain 202 409 1.4e-25 91.1 Starch synthase catalytic domain
XP_057784358.1 Pfam PF08323 Glyco_transf_5 Domain 207 397 5.1e-21 76.2 Starch synthase catalytic domain
XP_057784359.1 Pfam PF08323 Glyco_transf_5 Domain 141 381 1.3e-34 120.7 Starch synthase catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928372.1
AAATAATAAAATTAAAAACAAGCCTAGATTACACAGTCCCGTCGATTTCCCCTTCACTTTCTACCCTCATCTTGCTGCTCGGGATTTCGTCCATCCTCAACGGCGCGTGGGTTCGTGGGAGCCATCCTCTGAGCTCCGTCGAGTCTTTGCGTCTCACAGCACCCTCGCTCGCCGACGTGAAGCAAAAGATAGAAATTCATGATTTGTGGTCGAAAATGTGAAGCAAACAATACTGTTAGAAATAAGCTCTAAAGCCGCCA...
XM_057928376.1
TAGATTACACAGTCCCGTCGATTTCCCCTTCACTTTCTACCCTCATCTTGCTGCTCGGGATTTCGTCCATCCTCAACGGCGCGTGGGTTCGTGGGAGCCATCCTCTGAGCTCCGTCGAGTCTTTGCGTCTCACAGCACCCTCGCTCGCCGACGTGAAGCAAAAGATAGAAATTCATGATTTGTGGTCGAAAATGTGAAGCAAACAATACTGTTAGAAATAAGCTCTAAAGGTGAAATATTTTAGCGCCATTTTTAGACTG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131001784
ATGGATATTCTTGTCGCTGCTTCGCATCCAAGATTTCCTTTTCCCCCACACATTACTAAAACACACCGAAAATCTGCGATGCCTCAATTCCTCAATTGCTCAAGGAACACTGGAGAGAGCAACGGCTTGTCTAGAGCTCCTGTCCCGAGGGAGTTGGGAAGCCCTGATGATTTGGAGAACGATATGAAATCTATTAGTATTGAAAAAGAAGATAAGAAGCAGAATGACATTTGGCAACTGTATGAAGAAGCTCAACAAAA...
LOC131001784
ATGGATATTCTTGTCGCTGCTTCGCATCCAAGATTTCCTTTTCCCCCACACATTACTAAAACACACCGAAAATCTGCGATGCCTCAATTCCTCAATTGCTCAAGGAACACTGGAGAGAGCAACGGCTTGTCTAGAGCTCCTGTCCCGAGGGAGTTGGGAAGCCCTGATGATTTGGAGAACGATATGAAATCTATTAGTATTGAAAAAGAAGATAAGAAGCAGAATGACATTTGGCAACTGTATGAAGAAGCTCAACAAAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057784354.1
MDILVAASHPRFPFPPHITKTHRKSAMPQFLNCSRNTGESNGLSRAPVPRELGSPDDLENDMKSISIEKEDKKQNDIWQLYEEAQQNILYLNKQRLLAMEELERVKNERNSLLDRIEQLEMKKKATARKDIFTIRSELLNRIDALVLSGIIGSTEASSLRRLVIDSRVDLADDVYDIILKNDAEFLAELRRFSKTTKGNGFHIIHICTEMSPVVSVGSLAPYITGLSCALQRKGNLVEVILPKYACLNLDEVHGLREVEA...
XP_057784355.1
MDILVAASHPRFPFPPHITKTHRKSAMPQFLNCSRNTGESNGLSRAPVPRELGSPDDLENDMKSISIEKEDKKQNDIWQLYEEAQQNILYLNKQRLLAMEELERVKNERNSLLDRIEQLEMKKKATARKDIFTIRSELLNRIDALVLSGIIGSTEASSLRRLVIDSRVDLADDVYDIILKNDAEFLAELRRFSKTTKGNGFHIIHICTEMSPVVSVGSLAPYITGLSCALQRKGNLVEVILPKYACLNLDEVHGLREVEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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