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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002270

染色体: Chr08 坐标: 20974132-20976692 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002270
名称SmilChr08G002270
描述guanine nucleotide-binding protein-like NSN1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向20974132 - 20976692 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001794
GeneID131001794
locus_tag-
NCBI NameLOC131001794
原始查询LOC131001794

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述guanine nucleotide-binding protein-like NSN1
产物guanine nucleotide-binding protein-like NSN1
ArabidopsisAT3G07050 (NSN1)
GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819890]
identity=55.1; qcov=0.937; evalue=3.15e-30; confidence=medium
RiceOs01g0375000 (Os_F0781)
-
identity=48.2; qcov=0.905; evalue=1.02e-24; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001794

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784370.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784370.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784370.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784370.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057784370.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:20975305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr8:20975307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr8:20975628 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B52
Chr8:20975628 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B52
Chr8:20975711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:20975736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr8:20975779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B64,C52,C64,C66
Chr8:20975786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009094034.1
CAGCAATTCTCTATCCTACGTGGCGCTCTCAAAAGTCTCTATTTCGATTTATCTAAATTCTACCTTTTACGCCTTCGAAAAAACTCAGCTTCTCACAGTAATCAATCTGCAAATACCTTGATTTGGTATTTTCTCCCCATCGCTTGATCTATGGCGCAAATTTCTCTCTCCATATCAATGCAAATGCCCTAATTTGGTATCTAACGCTCTACCATAGGAGCCTCCGAGGCATGCCAGCTCTTCTCTGACGCCCTACCATA...
XM_057928387.1
CGTGGCGCTCTCAAAAGTCTCTATTTCGATTTATCTAAATTCTACCTTTTACGCCTTCGAAAAAACTCAGCTTCTCACAGTAATCAATCTGCAAATACCTTGATTTGGTATTTTCTCCCCATCGCTTGATCTATGGCGCAAATTTCTCTCTCCATATCAATGCAAATGCCCTAATTTGGTATCTAACGCTCTACCATAGGAGCCTCCGAGGCATGCCAGCTCTTCTCTGACGCCCTACCATATATGCGGCCTCTCTTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001794
ATGCCTCCCAAGAGGAATGCAGATGAGCCTTCTGAGGCAAGGATCGTCACTGAACTTGGGAAGGAATTCAACATAGATGAAGTTTATGGCAGCGAATCAACTATTATAGGCAGTTTGAAATCAGTGAATGACTTCAATCCAGTTGAAGTTCCTTCAAATTCCCCTTTGAATTTTGATATGGTGATGCTTGAGGACAAAGAACCACCTCAGGGCAATGATGACGATCAGCCCATGGCATCTGGAGAAGAAGATGGAAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784370.1
MPPKRNADEPSEARIVTELGKEFNIDEVYGSESTIIGSLKSVNDFNPVEVPSNSPLNFDMVMLEDKEPPQGNDDDQPMASGEEDGKVNAKEKSATVKQNEKLYVEEGMLNTKMRKAGGKRKISHLR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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