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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002275`

染色体: Chr08 坐标: 21134467-21136546 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002275`
名称	SmilChr08G002275
描述	uncharacterized SmilChr08G002275
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21134467 - 21136546 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001800`
GeneID	`131001800`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001800`
原始查询	`LOC131001800`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724]; symbol=AT1G21280; hit=AT1G21280; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G21280` (AT1G21280) Copia-like polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838724] identity=33.6; qcov=0.554; evalue=1.07e-39; confidence=low
Rice	`Os01g0909600` - identity=27.4; qcov=0.312; evalue=4.83e-09; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14244 (Retrotran_gag_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001800

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057784375.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057784375.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784375.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784375.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057784375.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21134803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr8:21134836`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B74
`Chr8:21134836`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B74
`Chr8:21134837`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr8:21134853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	71	A10,A11,A2,A23,A7,B100,B102,B111,B114,B119,B123,B124,B125,B129,B130,B131,B135,B139,B140,B15,B17,B18,B19,B28,B42,B43,B44,B45,B5,B52,B60,B70,B73,B76,B79,B8,B80,B81,B85,B87,B88,B91,B94,B96,C15,C25,C28,C29,C30,C34,C35,C36,C37,C42,C45,C53,C54,C57,C59,C63,C71,C73,C76,C77,C82,C87,C9,D1,D3,D5,D8
`Chr8:21134899`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	A20,B103,B128,B15,B52,C10,C21,C25,C50,C63,C85,D4
`Chr8:21134904`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr8:21134905`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A20,A5,B103,B128,B15,B33,B52,C10,C21,C25,C33,C50,C63,C68,C85,D4
`Chr8:21134906`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A20,A5,B103,B128,B15,B33,B52,C10,C21,C25,C33,C50,C63,C68,C85,D4
`Chr8:21134915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,B41,C83
`Chr8:21134956`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	25	A20,A5,B103,B108,B11,B128,B132,B15,B2,B3,B48,B52,B54,B83,B97,C1,C10,C19,C21,C25,C33,C50,C7,C85,D10
`Chr8:21134959`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	25	A20,A5,B103,B108,B11,B128,B132,B15,B2,B3,B48,B52,B54,B83,B97,C1,C10,C19,C21,C25,C33,C50,C7,C85,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784375.1

397 aa

198

397

Retrotran_gag_3

PF14244 Retrotran_gag_3 30-75 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784375.1`	Pfam	`PF14244`	Retrotran_gag_3	Domain	30	75	3.8e-17	62.6	Gag-polypeptide of LTR copia-type

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928392.1
AATATTAGAATAAGGGTCATGCATGCTACATGCACCCACTATTAAATAAGCCTAGCTGCATCTAGATTAGTTATGCTGAGCTGGCACCATGCGCGGTGCGTGTGTGTATTTCCTTTCCAATTGTATCTAGTATATAAGTGTTAGTTGTGTGATGTAAACTCTTGATCAATATGAAATACACTTTACTTTTGCTGCAAGCTTTCTTTTCTGTTATGGTATCCAGAGCAAAAGCCTTCCGCTGAAATCTTCTTCTTCATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001800
ATGGCACCTCACACGCCTTCCCCATCCAAAAATCAAAACAACCAATCACCTCCTTACGAGGATCAATCTAGTCCGTATTTCTTACCCAGCAGTGATAATCCTGGAGTCCAGTTAGTCACACAGCAATTGAACGGTTCAAACTACATCACATGGAGTCGCTCGATGACGACGACGCTTATGGCGAAGAACAAAGTTGCTTTTATCGACGGTTCGATTATGCGACCTCATTCTACCGATCTGTTATTTTCTCAGTGGCTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784375.1
MAPHTPSPSKNQNNQSPPYEDQSSPYFLPSSDNPGVQLVTQQLNGSNYITWSRSMTTTLMAKNKVAFIDGSIMRPHSTDLLFSQWLRCNSMVVSWLRNSVVPEISSSIMYIDDASLIWSDLKERFSQGNLARICQLKQQLLTLKQGSDDVSAYFTKLRILWDEYRDFQPSRWCVCDNCRCQSSRKWNEFQLQECSMQFLIGLNSSYSQIRSQIISTAPLPSLQRIFALVLQEERQRSIEQQSPVINYENQGSMINAAGTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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