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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002279

染色体: Chr08 坐标: 21184472-21187654 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002279
名称SmilChr08G002279
描述uncharacterized SmilChr08G002279
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向21184472 - 21187654 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001804
GeneID131001804
locus_tag-
NCBI NameLOC131001804
原始查询LOC131001804

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829938]; symbol=AT4G37820; hit=AT4G37820; species=arabidopsis; confidence=weak
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829938]; symbol=AT4G37820; hit=AT4G37820; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT4G37820 (AT4G37820)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829938]
identity=36.1; qcov=0.191; evalue=4.23e-18; confidence=weak
RiceOs06g0554300
-
identity=31.1; qcov=0.24; evalue=2.21e-11; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001804

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057784380.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057784380.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057784380.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784380.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784380.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:21184697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:21184839 T TTG 2bp_insertion frameshift_variant 57 A10,A14,A15,A20,A22,A23,A25,A7,A8,B10,B109,B119,B13,B130,B135,B16,B17,B18,B23,B26,B28,B37,B44,B48,B52,B58,B6,B61,B66,B74,B79,B8,B81,B84,B85,B88,B91,B95,B97,C10,C18,C27,C28,C33,C34,C37,C38,C53,C56,C60,C62,C7,C73,C8,C82,C9,D3
Chr8:21184876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr8:21184975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr8:21185217 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B115
Chr8:21185217 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B115
Chr8:21185275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C7
Chr8:21185533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,C9
Chr8:21185535 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 8 A10,B23,B37,B95,C37,C56,D1,D9
Chr8:21185724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,C59,C81
Chr8:21185743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr8:21185892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B122,C16,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928397.1
GATCGCAAAGTGTCGGTTCCGAGATTTTCAACGCGCATGGAAGTGCGTGGCGACAACATGGGATTTCCCAAAATCCATGGACAACACTCTCTCTCTCTCTCATAGTCTCACACACACACACACACACACACAATATAATGGTTACACACAGTGAGTGAGTTGAGTAGTACACACACATGTGGGTGATTTAAGATCTATTTGAGGCATTTGGCACGAAATCACATTCCCATTGCTCTAATTTATTTTCTGAAAATCTCATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001804
ATGATGTTCAAGCAATCGCCTCGCAGAAACCAGAGAAATAAAGGGATCAAAGTGAAGCATGTTTTGCAGATAAGTCTGCTGCTTGGAGTTGGCATCTGGCTGCTTTACCAGGTGCAGCAATCTCGCAGCAAGAAGCCGTCTCTAGACAGCACCGGTGTTTCAGGAAAGATAGAAGATGGAAGTGATAGCATCAAGCTAGGGAGGAAGGATCTCCACCCAAGAGAGGAAGAACAAGCACATTTTGATGACGAAAACAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784380.1
MMFKQSPRRNQRNKGIKVKHVLQISLLLGVGIWLLYQVQQSRSKKPSLDSTGVSGKIEDGSDSIKLGRKDLHPREEEQAHFDDENKPDDRWQSDNEAGDSRSDGLDNRLKGGEENENENEKENGENEDVSSNEEKNEGDIKEVTSEDKLEENVSLENNSEGNDNDTTEENKTEETTGQNESTEDTTGPNESTENKSEETTGQNESTENKSEETTGQNESEETTGQNESTENTSEETTGQNESEETTGQNESTENKSEETT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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