当前解析结果
SmilChr08G002281| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002281 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002281 |
| 描述 | EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 21215773 - 21216940 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001806 |
|---|---|
| GeneID | 131001806 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001806 |
| 原始查询 | LOC131001806 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 2 |
| 产物 | EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 2 |
| Arabidopsis | AT4G37810 (AT4G37810)EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829937] identity=42.3; qcov=0.917; evalue=4.85e-23; confidence=medium |
| Rice | Os07g0132300 (OJ1606_D04.120)- identity=35.7; qcov=1.16; evalue=1.22e-20; confidence=low |
| GO | GO:0010052 (guard cell differentiation); GO:0010374 (stomatal complex development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF17181 (EPF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001806 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057784382.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057784382.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784382.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784382.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057784382.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:21216180 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,C14 |
Chr8:21216264 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr8:21216543 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,A7,B135,C33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784382.1PF17181
EPF 56-121 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784382.1 |
Pfam | PF17181 |
EPF | Family | 56 | 121 | 2.1e-19 | 69.9 | Epidermal patterning factor proteins |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。