Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002282

染色体: Chr08 坐标: 21230212-21231421 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002282
名称SmilChr08G002282
描述uncharacterized SmilChr08G002282
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向21230212 - 21231421 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001809
GeneID131001809
locus_tag-
NCBI NameLOC131001809
原始查询LOC131001809

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF31073 (DUF8803)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001809

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057784383.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057784383.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784383.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784383.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784383.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:21230314 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr8:21230316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B15,B16,B60,C36
Chr8:21230320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B33
Chr8:21230352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C63
Chr8:21230353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr8:21230391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:21230475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr8:21230480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr8:21230554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr8:21230571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,A22,C41
Chr8:21230583 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 33 A18,A21,B104,B122,B123,B125,B129,B131,B138,B27,B28,B4,B44,B5,B52,B62,B90,B91,B92,C18,C21,C44,C47,C54,C56,C67,C69,C73,C79,C80,C82,C86,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784383.1
100 aa
N
1
50
100
DUF8803
C
PF31073 DUF8803 22-81 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784383.1 Pfam PF31073 DUF8803 Domain 22 81 3.2e-08 34.0 Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928400.1
GCAGTGATACGAAAAGAGTTGCCGCCCAAATGCAAGGATCCAGGTTCTGGACATACGGACTGTTTGCCCAAACGGAAGCCACGCGACAGAAGTCTGCATTTTGATGTGGAACCACCCGACTTAAAAGATAAGTGTGTGGAGGAGCTTCGTCTTGAAGCTTATGACGCCGTGATGTGGTATAAGGATCGCACCAAGATGTGGCACGACAAGAACTTGCAAGGAAAGACATTTACAGTCGGCCAAAATGTACTTTTTTTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001809
ATGTGGTATAAGGATCGCACCAAGATGTGGCACGACAAGAACTTGCAAGGAAAGACATTTACAGTCGGCCAAAATGTACTTTTTTTCCAGTTAAAGCTGCGGTTGATGACCGGAAAATTGAAGACGAAGTGGATTGGCCCCTTCATGATACAGTCTGTTTGCCCAAACGGGGCGTTTGAGATTCGCAGTTTAGACACGGCTAAGATATTCGTCGTGAACGGACAACGTTTGAAGCCGTACTATGATGCCTCTTCTTTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784383.1
MWYKDRTKMWHDKNLQGKTFTVGQNVLFFQLKLRLMTGKLKTKWIGPFMIQSVCPNGAFEIRSLDTAKIFVVNGQRLKPYYDASSLVPAESVSLLLSGTF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器