Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002287`

染色体: Chr08 坐标: 21310493-21316379 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002287`
名称	SmilChr08G002287
描述	protein CROWDED NUCLEI 4
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21310493 - 21316379 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001813`
GeneID	`131001813`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001813`
原始查询	`LOC131001813`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CROWDED NUCLEI 4
产物	protein CROWDED NUCLEI 4
Arabidopsis	`AT5G65770` (LINC4) branched-chain amino acid aminotransferase 5 / branched-chain amino acid transaminase 5 (BCAT5);little nuclei4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836706] identity=52.76; qcov=0.897; evalue=0.0; confidence=high
Rice	`Os01g0767000` (NMCP1B) - identity=43.73; qcov=0.855; evalue=3.83e-180; confidence=medium
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0006997 (nucleus organization)
KEGG	-
Pfam	PF27881 (CRWN_N); PF30919 (CRWN_second_CC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001813

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	0.80000	`XP_057784391.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057784391.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057784391.1`
4	Phragmoplast	Phragmoplast	0.20000	`XP_057784391.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21311625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C58,C65
`Chr8:21311823`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,B95,C43
`Chr8:21311919`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr8:21313766`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr8:21313848`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr8:21314362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C7
`Chr8:21314722`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B136,C30,C47,D2
`Chr8:21314853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C7
`Chr8:21315195`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784391.1

920 aa

460

920

CRWN_N

CRWN_second_CC

PF27881 CRWN_N 59-354 aa PF30919 CRWN_second_CC 491-731 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784391.1`	Pfam	`PF27881`	CRWN_N	Domain	59	354	7.7e-105	351.0	CROWDED NUCLEI 2, N-terminal domain
`XP_057784391.1`	Pfam	`PF30919`	CRWN_second_CC	Coiled-coil	491	731	1.1e-44	153.5	CRWN second coiled-coil domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009094037.1
GAGATTAAATTTGAAAGTTTAATCTAATCACGCAATTAAAGCAATATACTATTCTCGAATCCGATACGGCGTCGTCGCATCAAGAATGAGCAAATAAACTAAAGCAAAAAAGTAGAGAGAGAGAGAGAGTGCTTAGTTGTGGAGTCCACAAACTTTCACATGAAGTGAGAAAAAAAAAAAGATAGCCAACTGAAGTTGAGCGAATCCCCAGCTCAAAATTCACTCAATTCTGCAAGAGAGATTTTAAACAGCTACAGAGA...

XM_057928408.1
CAATTAAAGCAATATACTATTCTCGAATCCGATACGGCGTCGTCGCATCAAGAATGAGCAAATAAACTAAAGCAAAAAAGTAGAGAGAGAGAGAGAGTGCTTAGTTGTGGAGTCCACAAACTTTCACATGAAGTGAGAAAAAAAAAAAGATAGCCAACTGAAGTTGAGCGAATCCCCAGCTCAAAATTCACTCAATTCTGCAAGAGAGATTTTAAACAGCTACAGAGAAGAAATAGGCTTCGGATTTGATCCGTCTATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057784391.1_43321
ATGGCAACTCCGGCTTCGCGGTCGGAGAAACTGGCGGTGACGCCGCGGAGCTCCGTAACATTTGGAGTGACCCCAAATTCTGGTTCATCTAGGGTTTTGAAAACTCCCTTAAGCGATGAATCCCTATGGAAACGACTCAAAGAAGCAGGTTTTGATGAAGATTCGATTAAACGGAGAGATAAGGCGGCACTCATTGCTTATATTGCCAAACTAGAAGCCGAGATATATGAGCACCAGCATCACATGGGCCTAGTCATTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784391.1
MATPASRSEKLAVTPRSSVTFGVTPNSGSSRVLKTPLSDESLWKRLKEAGFDEDSIKRRDKAALIAYIAKLEAEIYEHQHHMGLVIMERNEWLSKYDEAKSIADSAELNIKRERASHVSNMADARKREDSLKKSLGIEKECVKNIEKTLHEMRAEYAEVKVASDSKFAEARSMVEDALKKLTEAEEKKRAAESLEAEATRYHRTAERKLHEVEEREDDLRRRIMSSKSDFEAKEKEIQLERQSLSERQKVMQQTQERLLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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