Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002300`

染色体: Chr08 坐标: 21554597-21557810 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002300`
名称	SmilChr08G002300
描述	growth-regulating factor 1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21554597 - 21557810 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001826`
GeneID	`131001826`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001826`
原始查询	`LOC131001826`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	growth-regulating factor 1-like
产物	growth-regulating factor 1-like
Arabidopsis	`AT2G22840` (GRF1) growth-regulating factor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816815] identity=46.2; qcov=1.03; evalue=4.51e-109; confidence=high
Rice	`Os03g0729500` (GRF6) - identity=44.5; qcov=0.769; evalue=3.37e-89; confidence=medium
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0032502 (developmental process)
KEGG	-
Pfam	PF08879 (WRC); PF08880 (QLQ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001826

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057784410.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784410.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784410.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057784410.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057784410.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21554909`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B67,B7,C33
`Chr8:21555069`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B35,B46,B8,B94
`Chr8:21555656`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,B48
`Chr8:21556471`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	59	A15,A19,A6,B101,B103,B105,B115,B118,B120,B121,B122,B133,B134,B140,B15,B17,B2,B29,B3,B36,B40,B41,B43,B47,B50,B51,B53,B54,B55,B60,B64,B67,B70,B71,B73,B76,B80,B85,B86,B87,B9,C1,C12,C15,C2,C25,C29,C45,C47,C50,C56,C60,C68,C79,C8,C81,C83,C9,D4
`Chr8:21556476`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	58	A15,A19,A6,B101,B103,B105,B115,B118,B120,B121,B122,B134,B140,B15,B17,B2,B20,B29,B3,B36,B40,B41,B43,B47,B50,B51,B53,B54,B55,B60,B64,B67,B70,B71,B73,B76,B80,B85,B86,B87,B9,C1,C12,C15,C2,C25,C29,C45,C47,C50,C56,C60,C68,C79,C8,C81,C83,D4
`Chr8:21556504`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	35	A15,A19,A6,B101,B103,B105,B115,B118,B134,B140,B15,B17,B2,B3,B40,B41,B43,B47,B51,B53,B64,B70,B76,B87,C1,C12,C2,C29,C3,C60,C68,C8,C81,C83,D4
`Chr8:21556966`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B33,B49,B98,C32,C68
`Chr8:21557181`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784410.1

547 aa

274

547

QLQ

WRC

PF08880 QLQ 126-159 aa PF08879 WRC 192-234 aa

XP_057784411.1

546 aa

273

546

QLQ

WRC

PF08880 QLQ 126-159 aa PF08879 WRC 191-233 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784410.1`	Pfam	`PF08880`	QLQ	Domain	126	159	1.7e-15	57.0	QLQ
`XP_057784410.1`	Pfam	`PF08879`	WRC	Domain	192	234	2.9e-21	75.6	WRC
`XP_057784411.1`	Pfam	`PF08880`	QLQ	Domain	126	159	1.7e-15	57.0	QLQ
`XP_057784411.1`	Pfam	`PF08879`	WRC	Domain	191	233	2.9e-21	75.6	WRC

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928427.1
TGAATTAGACATGCTATTTTCCCAGATGAGGATATAGTTCTACTCCTTAAAATAATTTCTCTCTCTTCTCCTCATATAAATATAAATATAAACAAAAATGAAAAGAAAATAAGTAAACTCTTCCTTAAGTGTCTTCTCTCTCTTTAGAATATTTTGCTTTGGAAAGAAGTTGCTTGAGATGAACTCATGCTGTGTTGTGGGGATAACCGGAACCCTATAAACTTGTTGGTTTGTGACGGAAAATGGATTTTGGGGTGGTG...

XM_057928428.1
AGGATATAGTTCTACTCCTTAAAATAATTTCTCTCTCTTCTCCTCATATAAATATAAATATAAACAAAAATGAAAAGAAAATAAGTAAACTCTTCCTTAAGTGTCTTCTCTCTCTTTAGAATATTTTGCTTTGGAAAGAAGTTGCTTGAGATGAACTCATGCTGTGTTGTGGGGATAACCGGAACCCTATAAACTTGTTGGTTTGTGACGGAAAATGGATTTTGGGGTGGTGAGGCACAAGCAAGCCTCTCCTAATGCAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001826
ATGGATTTTGGGGTGGTGAGGCACAAGCAAGCCTCTCCTAATGCAGGCTGTCTGGGTTCCGCTGAGCCCAGAGATGAAAAGGGCCATGGATCTGTGAATCTCAAGCACCAAAGATCTGCCCTCGCTGAGGATTACTGGAAATCGCACAAAATGCTCAAGCCCGCTGAAGTTGATTTCTCTGACACTTTCGCCGCCTTCGGAAGATCCAATCTCTGGCCACCGGATGACGGCCAGAAGATGCTATCTTTCTCGTCCCCGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057784410.1
MDFGVVRHKQASPNAGCLGSAEPRDEKGHGSVNLKHQRSALAEDYWKSHKMLKPAEVDFSDTFAAFGRSNLWPPDDGQKMLSFSSPVPTPDAAAAASARSVAFSICQDETNTGNGGRGSYSRLKGPFTPSQWMELEHQALIYKHIVANVPVPSNLLVPLKRSLYSYGSPASYASNFLGWGPFHLGFSGSNDPEPGRCRRTDGKKWRCSRDAVPDQKYCERHINRGRHRSRKPVEGHAGHAVSGSAASKVASIASSSSASV...

XP_057784411.1
MDFGVVRHKQASPNAGCLGSAEPRDEKGHGSVNLKHQRSALAEDYWKSHKMLKPAEVDFSDTFAAFGRSNLWPPDDGQKMLSFSSPVPTPDAAAAASARSVAFSICQDETNTGNGGRGSYSRLKGPFTPSQWMELEHQALIYKHIVANVPVPSNLLVPLKRSLYSYGSPASYASNFWWGPFHLGFSGSNDPEPGRCRRTDGKKWRCSRDAVPDQKYCERHINRGRHRSRKPVEGHAGHAVSGSAASKVASIASSSSASVM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器