Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002315`

染色体: Chr08 坐标: 21825830-21827874 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002315`
名称	SmilChr08G002315
描述	anaphase-promoting complex subunit 13
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21825830 - 21827874 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001837`
GeneID	`131001837`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001837`
原始查询	`LOC131001837`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述	anaphase-promoting complex subunit 13
产物	anaphase-promoting complex subunit 13
Arabidopsis	`AT1G73177` (BNS) bonsai [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843651] identity=69.8; qcov=0.913; evalue=8.76e-15; confidence=low
Rice	`Os07g0633800` - identity=56.3; qcov=1.03; evalue=5.19e-22; confidence=medium
GO	GO:0005680 (anaphase-promoting complex); GO:0070979 (protein K11-linked ubiquitination)
KEGG	smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001837

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057784424.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057784424.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057784424.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784424.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784424.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21826148`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B138,B47,B55,C61
`Chr8:21827692`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr8:21827738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B7,B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928441.1
TTGGAAATATAAAAAATTCAATAAATTCTAAATTGAATACACCCTGCTTCGGCCAATTAGCCCAAACACCTATTTATCAATTGTAGGTATTTTTCTGTGCAGTACTTCTTTTCCTCGTTTGCCACATCCCCGCTCTTCGCCTGAGCTGAAATCTTGATCAATTGTAGGGAAGCTTAAGAATGGCGGATTTAAGCTTGGGCATCCTCATAGACATTGTGGACGAGGAATGGATGAGAGATACTCTACCTGATGACGATCTT...

XM_057928442.1
TTCAATAAATTCTAAATTGAATACACCCTGCTTCGGCCAATTAGCCCAAACACCTATTTATCAATTGTAGGTATTTTTCTGTGCAGTACTTCTTTTCCTCGTTTGCCACATCCCCGCTCTTCGCCTGAGCTGAAATCTTGATCAATTGGAAGCTTAAGAATGGCGGATTTAAGCTTGGGCATCCTCATAGACATTGTGGACGAGGAATGGATGAGAGATACTCTACCTGATGACGATCTTCCTTTACCACCTCTACTTGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131001837
ATGAAGGGAAGCTTAAGAATGGCGGATTTAAGCTTGGGCATCCTCATAGACATTGTGGACGAGGAATGGATGAGAGATACTCTACCTGATGACGATCTTCCTTTACCACCTCTACTTGATTCTAGGACCGATGATGCTGAAGATTCAAACCAGGAAAGCCAACCAGTTGAGGCTGATGCTTGGCATGATCTTGCACTGGGAAACCAATGA

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057784424.1
MADLSLGILIDIVDEEWMRDTLPDDDLPLPPLLDSRTDDAEDSNQESQPVEADAWHDLALGNQ

XP_057784425.1
MADLSLGILIDIVDEEWMRDTLPDDDLPLPPLLDSRTDDAEDSNQESQPVEADAWHDLALGNQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器