Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002316`

染色体: Chr08 坐标: 21828603-21833473 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002316`
名称	SmilChr08G002316
描述	uncharacterized SmilChr08G002316
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21828603 - 21833473 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001838`
GeneID	`131001838`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001838`
原始查询	`LOC131001838`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transmembrane protein (DUF2215) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836897]; symbol=AT5G67610; hit=AT5G67610; species=arabidopsis; confidence=high
产物	transmembrane protein (DUF2215) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836897]; symbol=AT5G67610; hit=AT5G67610; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G67610` (AT5G67610) transmembrane protein (DUF2215) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836897] identity=46.6; qcov=1.02; evalue=5.38e-137; confidence=high
Rice	`Os03g0430000` (OSJNBa0091B22.9) - identity=43.3; qcov=0.904; evalue=3.71e-115; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF10225 (NEMP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001838

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057784429.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057784429.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.60000	`XP_057784429.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057784429.1`
5	Nucleus inner membrane	Nucleus inner membrane	0.20000	`XP_057784430.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21828903`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:21829593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr8:21831012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr8:21831402`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr8:21831408`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr8:21831430`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B136,B23,B69,C16
`Chr8:21832306`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A5,B7,B80
`Chr8:21832306`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A5,B7,B80
`Chr8:21832562`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr8:21832563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,B49,C25
`Chr8:21833058`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr8:21833144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784429.1

471 aa

236

471

NEMP

PF10225 NEMP 155-348 aa

XP_057784430.1

468 aa

234

468

NEMP

PF10225 NEMP 152-345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784429.1`	Pfam	`PF10225`	NEMP	Family	155	348	4.6e-38	132.0	NEMP family
`XP_057784430.1`	Pfam	`PF10225`	NEMP	Family	152	345	4.5e-38	132.0	NEMP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928447.1
AATAGATACGGCCAAAATTGGCCAAAATTTTAGAAGTTTTTGCCAAAAAATTGTGCTTGAGTTTTATGGCCCCACCAGCTAGCCTTAAGCCTTTCACCAATCCTGTGCTTGGAAAGAAAATGGTTGGGACCGCCATAAAATAGTACTAATTCAAATGAACAAATACTAGTATGATTTTCTGAAATAGCACAACTACCCGCCCAATTCTTCCGCATTTCAAATTTCTTCATTCGATGAGCTATGGCTACTGTAACTCCACC...

XM_057928446.1
AAGTTTTTGCCAAAAAATTGTGCTTGAGTTTTATGGCCCCACCAGCTAGCCTTAAGCCTTTCACCAATCCTGTGCTTGGAAAGAAAATGGTTGGGACCGCCATAAAATAGTACTAATTCAAATGAACAAATACTAGTATGATTTTCTGAAATAGCACAACTACCCGCCCAATTCTTCCGCATTTCAAATTTCTTCATTCGATGAGCTATGGCTACTGTAACTCCACCACTGATTCTATGGTGTATTATCGTCTCGTATTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001838
ATGGCTACTGTAACTCCACCACTGATTCTATGGTGTATTATCGTCTCGTATTTGGTGGTTCTCTCTGTGGGCGCTGCTTCTGAGTTCTCTTTAGCTGTTGGTGGGCCTGCAGCATTGCAGCTATTTCCAAGCTTCATAGTGGAAAATTCTCCAGGTTCCAGGCCTGGAGCTAAAATTAAATGTGGGAGAGTTCTAATTCAAGGTTTGCCAAGGATCAAACATTTAAATAAGTTTGCAAATTCCATGAAGGTAAAAGTTTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057784429.1
MATVTPPLILWCIIVSYLVVLSVGAASEFSLAVGGPAALQLFPSFIVENSPGSRPGAKIKCGRVLIQGLPRIKHLNKFANSMKVKVSHATSSGRPPNIDVCFHSDCRNESLDIGMCTHDQWERLSNGLWIKPMSPFDHKVLDIRMGASYSENIEVSLDEEFFLYRILFLVSGIVLMSLASVLSKSLVFYYSGAMAAGALLVILMVLFQGMKLLPTGRKSSLAVFLYSSFVGLGTFLLRYVPRLLRSLLVEIGLSEDMYDP...

XP_057784430.1
MATVTPPLILWCIIVSYLVVLSVGAASEFSLAVGGPAALQLFPSFIVENSPGSRPGAKIKCGRVLIQGLPRIKHLNKFANSMKVKVSHATSSGRPPNIDVCFHRNESLDIGMCTHDQWERLSNGLWIKPMSPFDHKVLDIRMGASYSENIEVSLDEEFFLYRILFLVSGIVLMSLASVLSKSLVFYYSGAMAAGALLVILMVLFQGMKLLPTGRKSSLAVFLYSSFVGLGTFLLRYVPRLLRSLLVEIGLSEDMYDPLLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器