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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001134

染色体: Chr01 坐标: 23098748-23103278 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001134
名称SmilChr01G001134
描述uncharacterized SmilChr01G001134
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向23098748 - 23103278 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001840
GeneID131001840
locus_tag-
NCBI NameLOC131001840
原始查询LOC131001840

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001840

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057784475.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057784475.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057784475.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057784475.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784475.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:23098750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr1:23098769 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B28,B29,B43,B8,D11
Chr1:23098769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,B29,B43,B8,D11
Chr1:23098777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B42,C16,C32,C53
Chr1:23098781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C34
Chr1:23098787 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 20 A5,B1,B126,B129,B130,B134,B5,B52,B70,B76,B83,B90,C17,C23,C24,C43,C44,C63,C72,D9
Chr1:23098791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B125,B53
Chr1:23098803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B43,B47,B8
Chr1:23098823 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 50 A11,A4,B1,B108,B111,B118,B12,B120,B127,B130,B132,B133,B140,B15,B16,B24,B27,B31,B32,B40,B45,B50,B53,B60,B65,B74,B75,B79,B80,B85,B89,C11,C12,C14,C20,C26,C28,C31,C33,C35,C38,C4,C43,C49,C5,C58,C64,C67,C69,C76
Chr1:23098826 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 12 A1,B23,B26,B33,B46,B56,B79,B8,B87,B96,C74,C84
Chr1:23098829 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B12,D1
Chr1:23098829 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928492.1
ATGGGCTATCAACAACAACAACAGTATTTCCCACCACAGCAGGGGTCTTCTCAACCATACAGACCACAATACCAACAGCAGCAATCCATTCCGCAACAGAGTGTGCAGCCGATTCCACCACAAAAATCCACGCTCGAAGAAACGCTGCAAGCCTTTATGGAAATCAGCAAACAAAGTATGGAGTCCCAAGCTTCTACAATCAAAAGGCTTGAAACAACGGTTGGACAACTTTCCAGTGCATTGAATCAAATTCAACAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001840
ATGGGCTATCAACAACAACAACAGTATTTCCCACCACAGCAGGGGTCTTCTCAACCATACAGACCACAATACCAACAGCAGCAATCCATTCCGCAACAGAGTGTGCAGCCGATTCCACCACAAAAATCCACGCTCGAAGAAACGCTGCAAGCCTTTATGGAAATCAGCAAACAAAGTATGGAGTCCCAAGCTTCTACAATCAAAAGGCTTGAAACAACGGTTGGACAACTTTCCAGTGCATTGAATCAAATTCAACAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784475.1
MGYQQQQQYFPPQQGSSQPYRPQYQQQQSIPQQSVQPIPPQKSTLEETLQAFMEISKQSMESQASTIKRLETTVGQLSSALNQIQQQQQPGKFHGQPAQPHQALVVTVLRSELPNSALPNSTDGEKADQQKEGEKEKEVKLHKASTPYRPPIPFPDRLSNEKQDQQKVPAYVKFFKELVSNKRKFGDNEKILVSEVFLQEQECVEVHAGSADMEELAREVEEFSAAQPALPFSNAQPTLPFSDDQPALPSSALELKELPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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