Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002318`

染色体: Chr08 坐标: 21844722-21849098 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002318`
名称	SmilChr08G002318
描述	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21844722 - 21849098 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001841`
GeneID	`131001841`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001841`
原始查询	`LOC131001841`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
产物	NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT5G67590` (FRO1) NADH-ubiquinone oxidoreductase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836895] identity=72.1; qcov=0.892; evalue=1.1e-71; confidence=high
Rice	`Os07g0585800` (OJ1060_D03.128) - identity=66.2; qcov=1.02; evalue=4.92e-76; confidence=high
GO	GO:0022900 (electron transport chain)
KEGG	smil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04800 (NDUS4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001841

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057784437.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.80000	`XP_057784437.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	0.80000	`XP_057784437.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784437.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784437.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21846588`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B43,D4
`Chr8:21846643`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr8:21848383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:21848730`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B52,D10
`Chr8:21848856`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784437.1

157 aa

157

NDUS4

PF04800 NDUS4 55-149 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784437.1`	Pfam	`PF04800`	NDUS4	Family	55	149	3.5e-32	111.2	NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928454.1
AGAACGCAAATGTAGGACAAAATTATTTTACTACTCTTATCTAAAATCGCATCGTACCTTTTCCTATACAAAGGAGAAGAAAAAACCAAAAAAAGCTTCTCCGTTTGGCCCTCTGTTGGAGCTGATATATTTTCAGTGCCCCAAAAACTTCCATTCCCAATTTCCCAAACAAAAACCAGGAATCCATTTCTGTGCAGTGATTCTAGCAATCGCGAAATGGCGAGCTCTCTGCGGCGGCTGGCGACCGATTCCTCCAAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001841
ATGGCGAGCTCTCTGCGGCGGCTGGCGACCGATTCCTCCAAGATTTCTCGATCTGCTCTGGCTCCAATTTCAAGAGCATTCTCGACGGAAAGCGCATTGGTCGAAACAAAACCCGGCGAGATCGGTGCGGTTTCGGGCATCCCTCAAGAGCACCTCCGGCGAAGGGTTATGATATTCTCACCTGCTCGAACTGCTACTCAGCAAGGAGCCGGGAAGGTCGGTAGATGGAAAATCAATTTCCTGTCCACGCAAAAATGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784437.1
MASSLRRLATDSSKISRSALAPISRAFSTESALVETKPGEIGAVSGIPQEHLRRRVMIFSPARTATQQGAGKVGRWKINFLSTQKWENPLMGWTSTGDPYANVGDSALSFDSQEAAVSFAERHGWEYTVKKHHTPLLKVKAYADNFKWKGPPKSEAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器