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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002324

染色体: Chr08 坐标: 21920330-21925464 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002324
名称SmilChr08G002324
描述uncharacterized SmilChr08G002324
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向21920330 - 21925464 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001847
GeneID131001847
locus_tag-
NCBI NameLOC131001847
原始查询LOC131001847

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycosyl hydrolase family protein 43 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824150]; symbol=AT3G49880; hit=AT3G49880; species=arabidopsis; confidence=high
产物glycosyl hydrolase family protein 43 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824150]; symbol=AT3G49880; hit=AT3G49880; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G49880 (AT3G49880)
glycosyl hydrolase family protein 43 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824150]
identity=75.7; qcov=0.933; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0406100
-
identity=68.7; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF04616 (Glyco_hydro_43)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001847

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057784451.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.60000 XP_057784451.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.60000 XP_057784451.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784451.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784451.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:21921321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C81
Chr8:21921616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr8:21921696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr8:21924510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr8:21924552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:21924671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr8:21924703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B16,B45,B59
Chr8:21924804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:21924832 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:21924906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B19,C12,C59
Chr8:21924928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:21924972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A23,A3,B131,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784451.1
476 aa
N
1
238
476
Glyco_hydro_43
C
PF04616 Glyco_hydro_43 199-383 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784451.1 Pfam PF04616 Glyco_hydro_43 Repeat 199 383 6.5e-19 69.1 Glycosyl hydrolases family 43

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928468.1
AAAACTACAGTCACCTGCTAATTGCTATAGTAAAAACTACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAGTTTTGTAAATTGTAATTGTAGGTCATGATAGAGTCGCCTCCATGATTATTGCGATGAGAAGCAAGATCCAACAAATAATCAATCCCAGCTCCAACCTTCTCTCTCCTTCCACTTTACTCATTAATTAACTTCGATATTCCCTTCTTCTACACGTCTCTGCTCGGAATAACTCAATGCAATTCCCGTGAGAATATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001847
ATGAATGGTTGGCAAATCAGAAGAGTGAACAGCAGCAAGCTCATGTCAAGGAATTATTTCCCGTATTTAGCAAGGATATCTTCAGGGAGCAGATGCTCAATGTCGACTGCGGTGTGGAGCCTAGTGGGGTTCCTTATTATGCTTCACTTGTACACCCTAATTTCACATACAAACATGCAAAGTAAAGTGGCGCTCAAAAATATAAGCCACAACCCACTAATAAGTGAACTTGAAGAGGTTGAGGAGGAAAATATACAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784451.1
MNGWQIRRVNSSKLMSRNYFPYLARISSGSRCSMSTAVWSLVGFLIMLHLYTLISHTNMQSKVALKNISHNPLISELEEVEEENIQMPPPRKRSPRAAKRKPKRPTTLIDEFLDESSQIRHIFFPSMKTAVDPMRVVGNDSFYYHPGRIWLDTEGNPIQAHGGGILYDERSRTYYWYGEYKDGPTYRAHKKGAARVDVIGVGCYSSKDLWTWKNEGIVLAAEENDETHDLHKSNVLERPKVIYNDKTAKYVMWMHIDDAN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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