Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002332`

染色体: Chr08 坐标: 21965371-21969937 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002332`
名称	SmilChr08G002332
描述	mitochondrial outer membrane protein porin 2-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21965371 - 21969937 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001851`
GeneID	`131001851`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001851`
原始查询	`LOC131001851`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial outer membrane protein porin 2-like
产物	mitochondrial outer membrane protein porin 2-like
Arabidopsis	`AT5G67500` (VDAC2) voltage dependent anion channel 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836886] identity=65.2; qcov=1; evalue=3.32e-132; confidence=high
Rice	`Os03g0202200` (OSVDAC4) - identity=58; qcov=0.993; evalue=1.03e-111; confidence=high
GO	GO:0005741 (mitochondrial outer membrane); GO:0008308 (voltage-gated monoatomic anion channel activity); GO:0098656 (monoatomic anion transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF01459 (Porin_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001851

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057784457.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057784457.1`
3	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	1.00000	`XP_057784457.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784457.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784457.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21966029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B138,B47,B55,C61
`Chr8:21966074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C71,D4
`Chr8:21966322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B56,B62,B96,C41
`Chr8:21966353`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C71,D4
`Chr8:21966613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr8:21969409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,D2
`Chr8:21969435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B29,B95,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784457.1

276 aa

138

276

Porin_3

PF01459 Porin_3 4-269 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784457.1`	Pfam	`PF01459`	Porin_3	Family	4	269	5.7e-70	236.5	Eukaryotic porin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928474.1
AGTCAGCAACTATGTGGATGCTCTACGTTGACCTGCCTGTGATGGGGGTAGCATCACAACCACCATCTCCTCCGCATTACTATTTGACGAGATCAAGGCCCATCGATCTCAAATACTGAGCGTCAACATATAAATCAATGGTCAATATTATCCCATGAAAATCATTTGTCAATTTCGAAAAATTCCTCAACACTACGCCTTCACCACCAAAAAAGCCCCTCCAAATCTCTCTCCCCCTATTTTCTGTTCGCAGGGATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001851
ATGAGCAAGGGGCCGGGACTCTTCACAGATATCGGCAAGAAAGCCAAAGATCTGCTGACTAGAGATTATCTGTCTGATCACAAATTTTCCGTCTCCACCTACAGTGAATCTGGAGTGGCTCTCACAACATCCACAGTGAAAAAAGGAGGGTATTCATCTGGTGATGTGGGAGTTCAGTACGTATATAGGAATACTTCTACTGATCTGAAAGTTGATACAGAGTCAAATATCTCAGCCACTTTTACTGTTGCTGACATTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784457.1
MSKGPGLFTDIGKKAKDLLTRDYLSDHKFSVSTYSESGVALTTSTVKKGGYSSGDVGVQYVYRNTSTDLKVDTESNISATFTVADIIPSSKTIANLKFPNYESGKLEFQYFHPHASLTAAVGLNQTPPLDFSVTLGTPTFALGAEAGYETTSGKLTKYTAGITVTKPDSSASVILGDKGDTIKASYIHYLDELKRSAAVGEITRKFSTNENTFTVGGSCAVDSLTLVKVKLNNHGTLAATLQHEVIRKSLVTISSEFDTK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器