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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002341

染色体: Chr08 坐标: 22092171-22096897 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002341
名称SmilChr08G002341
描述formin-like protein 6
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22092171 - 22096897 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001861
GeneID131001861
locus_tag-
NCBI NameLOC131001861
原始查询LOC131001861

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述formin-like protein 6
产物formin-like protein 6
ArabidopsisAT5G67470 (FH6)
formin homolog 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836883]
identity=56.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0204100 (OsFH8)
-
identity=68.2; qcov=0.513; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG-
PfamPF02181 (FH2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001861

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057784470.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784470.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784470.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784470.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784470.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22092911 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B123,B14
Chr8:22092911 CCT C 2bp_deletion CDS_variant 2 B123,B14
Chr8:22092969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B39,C14,C65
Chr8:22093095 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr8:22093316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:22093624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B136,B69,C31,C59
Chr8:22095024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B47,B55,C61
Chr8:22095761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B16,B45,B59
Chr8:22095899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C59
Chr8:22095921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr8:22095950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C59
Chr8:22096262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B40,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784470.1
858 aa
N
1
429
858
FH2
C
PF02181 FH2 418-809 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784470.1 Pfam PF02181 FH2 Family 418 809 3.3e-118 395.8 Formin Homology 2 Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928487.1
ATCCATACCCCATGTGACTTTCGCATAAATCAATCAATTTTATTTCATTTTTCTAATACCACATATATAATTCTCTTACTCAAACAACATTATTCTACTTCCTTAAATTCAGTACTTCCTAAAATCGTAAAAACACTCGGAATATTTATTTATACGGAAAGGAAAAGCGCGGCTACTGCTGACGAAATAGCATCTAGATCTTGCACCACTCCGAAGCTTCTCCTTTACAGCCACTCTCTCTCTCTCTCAAGTTAGGAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001861
ATGAGACCTAATTATATCATTACCATTTTCTTGATCCTATCATTTATTGCAGACTCCAAATTCATAGGTGAAGAGAAAAACAACAGGAGGATTCTTCACCAACCACTCTTTCCATACACTTCATCTCCGCCTCCTCCCGAATCACTGCCGCCGCCTCCGGTTGTGCCTTCAACTCCAGACCAAAACCAGCCATTCTTCCACGAGCTTCCAAATGGACCCCCGGTGGATCAGGGGCAGCAAACGCCACCATCGCCGCCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784470.1
MRPNYIITIFLILSFIADSKFIGEEKNNRRILHQPLFPYTSSPPPPESLPPPPVVPSTPDQNQPFFHELPNGPPVDQGQQTPPSPPGSSSSTAVATPAAPRPTNSIKKLGIAVSSAMLSLAVVSAVAFLLYKRRIKHRDDSQKLVAGNSQRMNEEARMPPSNFLYIGTVEPSATSIASEANDASASPYRKLNSGKRSSRYRPSPDLQPLPPLTKPPLPPPPSINSPPPMSSSDDESHDTNFYTPQGSSMSNESPSSRHSY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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