当前解析结果
SmilChr08G002364| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002364 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002364 |
| 描述 | protein ASYMMETRIC LEAVES 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 22460375 - 22463542 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001886 |
|---|---|
| GeneID | 131001886 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001886 |
| 原始查询 | LOC131001886 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ASYMMETRIC LEAVES 2 |
| 产物 | protein ASYMMETRIC LEAVES 2 |
| Arabidopsis | AT1G65620 (AS2)Lateral organ boundaries (LOB) domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842873] identity=70.6; qcov=1.04; evalue=9.19e-82; confidence=high |
| Rice | Os01g0889400 (CRL1L3)- identity=83.3; qcov=0.524; evalue=3.32e-63; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03195 (LOB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001886 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057784502.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784502.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784502.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057784502.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057784502.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:22460742 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr8:22460768 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | A21 |
Chr8:22460768 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr8:22461006 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C57 |
Chr8:22461111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784502.1PF03195
LOB 9-106 aa
XP_057784503.1PF03195
LOB 9-106 aa
XP_057784504.1PF03195
LOB 9-106 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784502.1 |
Pfam | PF03195 |
LOB | Family | 9 | 106 | 8.8e-43 | 145.6 | Lateral organ boundaries (LOB) domain |
XP_057784503.1 |
Pfam | PF03195 |
LOB | Family | 9 | 106 | 8.8e-43 | 145.6 | Lateral organ boundaries (LOB) domain |
XP_057784504.1 |
Pfam | PF03195 |
LOB | Family | 9 | 106 | 8.8e-43 | 145.6 | Lateral organ boundaries (LOB) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。