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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002386

染色体: Chr08 坐标: 22633978-22636049 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002386
名称SmilChr08G002386
描述golgin-84-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22633978 - 22636049 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001904
GeneID131001904
locus_tag-
NCBI NameLOC131001904
原始查询LOC131001904

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述golgin-84-like
产物golgin-84-like
ArabidopsisAT2G19950 (GC1)
golgin Putative 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816514]
identity=71.6; qcov=0.826; evalue=2.28e-42; confidence=medium
RiceOs01g0744400
-
identity=69.7; qcov=0.861; evalue=2.52e-43; confidence=medium
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0000301 (retrograde transport, vesicle recycling within Golgi); GO:0007030 (Golgi organization); GO:0031985 (Golgi cisterna)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001904

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057784522.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057784521.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057784521.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057784522.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784521.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22634396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C87,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928538.1
GCTTTCTCTCTGTAACACTCTCTCTCTCTCCCCTATCGCTCTCTCTCCCCCTCTCTCTTTCCCACACCAAATTCAACTCAAACACGGTTGATCTGAGGGAGCTGGCGGCGGCGAGGTACGGACGGCGCGATCTGAAGAATTCAGGCGGCAGCGCTACTTCAGGAGCTAGGGCACGACGGCGGCACGATTTCAGGCACTAGAGCACGACGACTTCAAGCTCTAGGGCAAAACGACTTCAGGTGGCAGCGCAACTTTATGAG...
XM_057928539.1
GCTTTCTCTCTGTAACACTCTCTCTCTCTCCCCTATCGCTCTCTCTCCCCCTCTCTCTTTCCCACACCAAATTCAACTCAAACACGGTTGATCTGAGGGAGCTGGCGGCGGCGAGGTACGGACGGCGCGATCTGAAGAATTCAGGCGGCAGCGCTACTTCAGGAGCTAGGGCACGACGGCGGCACGATTTCAGGCACTAGAGCACGACGACTTCAAGCTCTAGGGCAAAACGACTTCAGGTGGCAGCGCAACTTTATGAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001904
ATGAGCAAGTTAGAAGCTGAAAGGAATAGAGTTTTTCGTCGTGCATCATCCTCATGGGAAGAGGATGCTGACATGAAAACACTCGAACCTCTGCCCTTGCATCATCGCCAAATGACTGGAGCAAGCTTACAGTTGCAGTTACAGAGGGCAGCAAAACTATTAGACACTGGGGCTGCTAGGGCAACAAGATTCTTGTGGCGGTATCCGACAGACCGCATCATCCTGCTGTTCTATCTGGTTTTTGTGCATCTCTTTTTGAT...
LOC131001904
ATGTTAGAAGCTGAAAGGAATAGAGTTTTTCGTCGTGCATCATCCTCATGGGAAGAGGATGCTGACATGAAAACACTCGAACCTCTGCCCTTGCATCATCGCCAAATGACTGGAGCAAGCTTACAGTTGCAGTTACAGAGGGCAGCAAAACTATTAGACACTGGGGCTGCTAGGGCAACAAGATTCTTGTGGCGGTATCCGACAGACCGCATCATCCTGCTGTTCTATCTGGTTTTTGTGCATCTCTTTTTGATGTACCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057784521.1
MSKLEAERNRVFRRASSSWEEDADMKTLEPLPLHHRQMTGASLQLQLQRAAKLLDTGAARATRFLWRYPTDRIILLFYLVFVHLFLMYLLHRLQEQADNNTPNEVEESMRLFNRTSR
XP_057784522.1
MLEAERNRVFRRASSSWEEDADMKTLEPLPLHHRQMTGASLQLQLQRAAKLLDTGAARATRFLWRYPTDRIILLFYLVFVHLFLMYLLHRLQEQADNNTPNEVEESMRLFNRTSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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