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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002416

染色体: Chr08 坐标: 22966997-22968523 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002416
名称SmilChr08G002416
描述F-box/kelch-repeat protein At1g23390-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22966997 - 22968523 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001937
GeneID131001937
locus_tag-
NCBI NameLOC131001937
原始查询LOC131001937

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/kelch-repeat protein At1g23390-like
产物F-box/kelch-repeat protein At1g23390-like
ArabidopsisAT1G23390 (AT1G23390)
Kelch repeat-containing F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838947]
identity=41.4; qcov=1; evalue=1.26e-78; confidence=medium
RiceOs09g0292900 (IBF1)
-
identity=31.3; qcov=0.763; evalue=5.35e-25; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0043161 (proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001937

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784566.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057784566.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057784566.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784566.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784566.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22967166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:22967269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:22967603 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C30,C36,C42,C52
Chr8:22967736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B46,C85
Chr8:22967808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:22967905 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 6 B27,B3,B69,C78,D1,D5
Chr8:22968276 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B62
Chr8:22968276 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 1 B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928583.1
TCACGAATGAATTTTCTAGTTATATTAAATAGAGAATAATATATTGTATCCATATTTACAACAAAAATCTGCCACATTAACTGTGAACACATTAAGGTGTGCATAATTGTGGACACTAGGTAAATGAAACTGATATATATATACTACTCCTATAGTCCTATATCATGCACAGAATATTCAAACACAAATTACACTTCCATCACTTTCCATAACTGATCAAATGTATAGATAAATAGAAAAGAAAAATGGCAACGAGACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001937
ATGGCAACGAGACTGAATCAAGAAGAAGAAGCGGAGATTCACGGCGACGTGCTAGAAACCGTCCTCTCGCACGTGCCGTCAGTCGACCTGGTCTCCGCCTCACACGTTTCAAAATGGTGGCGCGGCGCCGTCTCCTCCTCCCTCCGCCACCAAAATCCGCCGAAGCCGTGGCTGATCCTCCACACGCAGTCCACTCGCCCCCCGCACGCCACCGCCGTCCACGCCTACGATCCGCGATCCGACGTCTGGATCCGCATCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784566.1
MATRLNQEEEAEIHGDVLETVLSHVPSVDLVSASHVSKWWRGAVSSSLRHQNPPKPWLILHTQSTRPPHATAVHAYDPRSDVWIRIRRPPIEYVAALHSSSAASLLYMLSPSAFAFSTDPLHSDWTIASPPRVWRMDPIVARVGGAVVVASGACYFEDDPLAVEIYDLRTRAWRACESMPPTLKDSAAAAWLSAAATEEKLLLVEKQTGLTHWFDPISNSWSGPIVLKPSQPVRSCHVSFSNSSGLIMIGICPIENKETV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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