当前解析结果
SmilChr08G002427| 统一新 Gene ID | SmilChr08G002427 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G002427 |
| 描述 | patatin-like protein 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 23054249 - 23062403 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001947 |
|---|---|
| GeneID | 131001947 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001947 |
| 原始查询 | LOC131001947 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | patatin-like protein 6 |
| 产物 | patatin-like protein 6 |
| Arabidopsis | AT2G39220 (PLP6)PATATIN-like protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818507] identity=66.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0254400 (OspPLAIIIalpha)- identity=55; qcov=1; evalue=5.94e-158; confidence=high |
| GO | GO:0006629 (lipid metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01734 (Patatin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001947 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057784578.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057784578.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057784578.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057784578.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784578.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:23054922 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,C4,C46 |
Chr8:23054926 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B8 |
Chr8:23055046 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr8:23055163 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:23055213 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:23055226 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B30,B84,C59,C81 |
Chr8:23055600 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B30,B84,C59,C81 |
Chr8:23055645 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,D3 |
Chr8:23055702 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B105,B139,B28,D4 |
Chr8:23057846 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B42,B43,C32,C68 |
Chr8:23057903 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B120,C41 |
Chr8:23057918 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B118,B44,B60 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784578.1PF01734
Patatin 74-281 aa
XP_057784579.1PF01734
Patatin 74-281 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784578.1 |
Pfam | PF01734 |
Patatin | Domain | 74 | 281 | 1e-19 | 72.2 | Patatin-like phospholipase |
XP_057784579.1 |
Pfam | PF01734 |
Patatin | Domain | 74 | 281 | 1e-19 | 72.2 | Patatin-like phospholipase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。