Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002430

染色体: Chr08 坐标: 23110913-23120419 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002430
名称SmilChr08G002430
描述uncharacterized SmilChr08G002430
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向23110913 - 23120419 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001949
GeneID131001949
locus_tag-
NCBI NameLOC131001949
原始查询LOC131001949

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818504]; symbol=ATATH8; hit=AT2G39190; species=arabidopsis; confidence=high
产物Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818504]; symbol=ATATH8; hit=AT2G39190; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G39190 (ATATH8)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818504]
identity=54.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0805800
-
identity=53.1; qcov=0.907; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF03109 (ABC1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001949

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057784582.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057784582.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057784582.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.40000 XP_057784582.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784582.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:23111114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B44
Chr8:23111227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr8:23111236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C71
Chr8:23111245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B84
Chr8:23112303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:23112903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:23112922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:23114644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B103,B52,C85
Chr8:23114670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B136,B60,B69
Chr8:23116514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C71
Chr8:23117547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:23117841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784582.1
805 aa
N
1
402
805
ABC1
C
PF03109 ABC1 239-480 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784582.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 239 480 2.6e-70 237.1 ABC1 atypical kinase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928599.1
AATGGCCAAACTTGTAGTTGACATAAGTAAATTTGTAGCATTGAAAGTTTTATGAGTGGTAGATATGTCATATGAACTTCATTTCATCCAAAGCCAATAACTCAAAAAATCATCCATGCCTCCATTTCCCACATAAAATCAACCTCAATTTCCCCCAAATTCTGCGCCTGAATGTTTTCGGCGGTACCCTCGCCGTCCGCCGTTCTATGCCATGCAGGAGCCCCACCTAGAGGCAGGAACAATCAGCTCAGCAAAAATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001949
ATGTTTTCGGCGGTACCCTCGCCGTCCGCCGTTCTATGCCATGCAGGAGCCCCACCTAGAGGCAGGAACAATCAGCTCAGCAAAAATGACCAAAAATTGCGCAGGAACGCCGGTGCGCTGGGGAACGTGTTGGAAGTCGTGCAGAAGGATGTGAAGTTTTTGGGAGATGGTTTGAGCAAAGGATTGGAATGGGCGAACAAGGCGTTTCGGATTCCTGACCTTTCCAAGTCCGTGGAGGATTTTGTGTGGCTGCGGAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784582.1
MFSAVPSPSAVLCHAGAPPRGRNNQLSKNDQKLRRNAGALGNVLEVVQKDVKFLGDGLSKGLEWANKAFRIPDLSKSVEDFVWLRNAEDPQAAALRFPSWPQPCYPELTGADLFLADLKAVEVYGWYLYYLSKMWTKPLPETYDAEKVTEYFILRPHVVTLRLLEVLTAFLSATIKSRISRISCGAEEDARTSVSDYNFGIILKDTMLNLGPTFIKVGQSLSTRPDIIGPEVSTALSELHDQIPPFPRAEAMKIIEEELG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器