Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002474`

染色体: Chr08 坐标: 23639437-23641151 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002474`
名称	SmilChr08G002474
描述	putative Myb family transcription factor At1g14600
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	23639437 - 23641151 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001989`
GeneID	`131001989`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001989`
原始查询	`LOC131001989`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative Myb family transcription factor At1g14600
产物	putative Myb family transcription factor At1g14600
Arabidopsis	`AT2G38300` (AT2G38300) myb-like HTH transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818410] identity=40.8; qcov=0.983; evalue=4.89e-49; confidence=medium
Rice	`Os02g0241200` - identity=55.2; qcov=0.425; evalue=3.61e-36; confidence=low
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001989

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057784642.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784642.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784642.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057784642.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057784642.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:23639666`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:23639837`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr8:23639851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B110,B115,B129,B68
`Chr8:23639908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr8:23639915`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C21
`Chr8:23639915`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C21
`Chr8:23640059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B119,B72,C26
`Chr8:23640267`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B70,C31
`Chr8:23640267`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B70,C31
`Chr8:23640678`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B76
`Chr8:23640678`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784642.1

294 aa

147

294

Myb_DNA-binding

PF00249 Myb_DNA-binding 51-102 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784642.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	51	102	3.1e-08	34.3	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009094094.1
ATTATATCTACAAAAGTAAAACTGTGGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATTCTTGTTTATATTCCTAAACAAGGAATTTTCATTCCCAATTCTAACAACTTCCTCTACTCCTTCATCTACTCTCACATAAACAAAAAAGGATAGATACCCAAAGAAGAAAGAGCTTGAGATGAGATCATAAATTAATATTACAGAAATCAAGGATGATAGAAGAGATGCAAAACGTTAACTCAGACGAAAGGGAGATGAAAGGG...

XM_057928659.1
ATCATGTTCATCGACGTCTAGGTGGTTGATAGCTAGAGCCATATATATAAAGGACACAACATGTAATTATATCTACAAAAGTAAAACTGTGGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATTCTTGTTTATATTCCTAAACAAGGAATTTTCATTCCCAATTCTAACAACTTCCTCTACTCCTTCATCTACTCTCACATAAACAAAAAAGGATAGATACCCAAAGAAGAAAGAGCTTGAGATGAGATCATAAATTAATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001989
ATGATAGAAGAGATGCAAAACGTTAACTCAGACGAAAGGGAGATGAAAGGGAAGAGCTCATCAAGCAACAGCACTGTTGAAGAGAACAATGGGAACAAGAAGGGAAGCTCATGTGGATCTGTGAGGCAGTATGTCCGCTCCAAGACTCCCCGCCTCCGGTGGACTCCCGAGCTCCATCTCTGCTTCGTCCACGCCGTTGACAGGCTCGGTGGAGAAGAAAAGGCAACGCCTAAATTGGTGCTCCAATTAATGAACGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784642.1
MIEEMQNVNSDEREMKGKSSSSNSTVEENNGNKKGSSCGSVRQYVRSKTPRLRWTPELHLCFVHAVDRLGGEEKATPKLVLQLMNVKGLSIAHVKSHLQMYRSKKIDDPNEVISQQRLLLDAGDRHIYNLSQLPMLQTFNNQTPISSFRYRDVGLGSPGSSINSSWAAASNMTRNRLVYEPAASNQINSGYLSSWKFLDQKSLMNDQRFWKTTTSSTNLYLASKDEEHVESPRPSKRKLHLDLTLSLKTNTQEDGKKMKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器