当前解析结果
SmilChr08G003786| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003786 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003786 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003786 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 43693081 - 43695515 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131002041 |
|---|---|
| GeneID | 131002041 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131002041 |
| 原始查询 | LOC131002041 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MD-2-related lipid recognition domain-containing protein / ML domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820352]; symbol=AT3G11780; hit=AT3G11780; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | MD-2-related lipid recognition domain-containing protein / ML domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820352]; symbol=AT3G11780; hit=AT3G11780; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G11780 (AT3G11780)MD-2-related lipid recognition domain-containing protein / ML domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820352] identity=57.3; qcov=0.949; evalue=1.5e-56; confidence=high |
| Rice | Os07g0159800 (OJ1714_H10.115)- identity=59.5; qcov=0.797; evalue=1.47e-50; confidence=medium |
| GO | GO:0032366 (intracellular sterol transport); GO:0032934 (sterol binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02221 (E1_DerP2_DerF2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131002041 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057784695.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057784695.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057784695.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784695.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784695.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:43693627 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,C80 |
Chr8:43695269 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784695.1PF02221
E1_DerP2_DerF2 28-147 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784695.1 |
Pfam | PF02221 |
E1_DerP2_DerF2 | Domain | 28 | 147 | 2.7e-25 | 90.0 | ML domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。