当前解析结果
SmilChr01G004327| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004327 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004327 |
| 描述 | chaperone protein dnaJ 6-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 61418386 - 61421464 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131002068 |
|---|---|
| GeneID | 131002068 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131002068 |
| 原始查询 | LOC131002068 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | chaperone protein dnaJ 6-like |
| 产物 | chaperone protein dnaJ 6-like |
| Arabidopsis | AT3G12170 (AT3G12170)Chaperone DnaJ-domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820394] identity=70.3; qcov=0.86; evalue=4.34e-127; confidence=high |
| Rice | Os02g0195800 (OsDjC17)- identity=63.8; qcov=1.01; evalue=2.13e-111; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00226 (DnaJ); PF23302 (HTH_DNAJC9) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131002068 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057784704.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057784704.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057784704.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784704.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784704.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:61418611 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B37,B46 |
Chr1:61419942 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:61419962 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B15,C77 |
Chr1:61421278 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B126,C12,C59,C6,D11 |
Chr1:61421301 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,B88,C11,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784704.1PF00226
DnaJ 39-100 aa
PF23302
HTH_DNAJC9 141-209 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784704.1 |
Pfam | PF00226 |
DnaJ | Domain | 39 | 100 | 3.4e-26 | 91.8 | DnaJ domain |
XP_057784704.1 |
Pfam | PF23302 |
HTH_DNAJC9 | Domain | 141 | 209 | 4.6e-27 | 94.7 | DNAJC9 HTH domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。