当前解析结果
SmilChr01G004346| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004346 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004346 |
| 描述 | protein N-terminal glutamine amidohydrolase |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 61613125 - 61615649 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131002216 |
|---|---|
| GeneID | 131002216 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131002216 |
| 原始查询 | LOC131002216 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein N-terminal glutamine amidohydrolase |
| 产物 | protein N-terminal glutamine amidohydrolase |
| Arabidopsis | AT2G41760 (AT2G41760)amino-terminal glutamine amidohydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818775] identity=63.6; qcov=0.957; evalue=5.02e-110; confidence=high |
| Rice | Os05g0387900- identity=55.7; qcov=0.922; evalue=3.58e-86; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0008418 (protein-N-terminal asparagine amidohydrolase activity); GO:0070773 (protein-N-terminal glutamine amidohydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09764 (Nt_Gln_amidase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131002216 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057784714.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057784714.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057784714.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784714.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784714.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:61613401 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:61613452 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr1:61613479 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B94,C59 |
Chr1:61613936 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C50,D11,D7 |
Chr1:61613982 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,C47 |
Chr1:61614795 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr1:61615523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B24,B66,C37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784714.1PF09764
Nt_Gln_amidase 26-225 aa
XP_057784715.1PF09764
Nt_Gln_amidase 26-225 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784714.1 |
Pfam | PF09764 |
Nt_Gln_amidase | Family | 26 | 225 | 7.9e-66 | 221.9 | N-terminal glutamine amidase |
XP_057784715.1 |
Pfam | PF09764 |
Nt_Gln_amidase | Family | 26 | 225 | 7.9e-66 | 221.9 | N-terminal glutamine amidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。