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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004413

染色体: Chr01 坐标: 62262081-62265543 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004413
名称SmilChr01G004413
描述probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62262081 - 62265543 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002234
GeneID131002234
locus_tag-
NCBI NameLOC131002234
原始查询LOC131002234

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
产物probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
ArabidopsisAT3G60360 (EDA14)
embryo sac development arrest 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825207]
identity=64.2; qcov=1; evalue=2.54e-105; confidence=high
RiceOs01g0810000
-
identity=65.5; qcov=1; evalue=8.19e-110; confidence=high
GOGO:0005730 (nucleolus); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0032040 (small-subunit processome)
KEGG-
PfamPF03998 (Utp11)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002234

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057784727.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057784727.1
3 Nucleolus rim Nucleolus rim 0.80000 XP_057784727.1
4 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.60000 XP_057784727.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784727.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62263870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr1:62263973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B33
Chr1:62264002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:62265078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B63,B65,B72,C52,C70
Chr1:62265079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr1:62265259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784727.1
229 aa
N
1
114
229
Utp11
C
PF03998 Utp11 10-229 aa
XP_057784728.1
229 aa
N
1
114
229
Utp11
C
PF03998 Utp11 10-229 aa
XP_057784729.1
229 aa
N
1
114
229
Utp11
C
PF03998 Utp11 10-229 aa
XP_057784730.1
229 aa
N
1
114
229
Utp11
C
PF03998 Utp11 10-229 aa
XP_057784734.1
229 aa
N
1
114
229
Utp11
C
PF03998 Utp11 10-229 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784727.1 Pfam PF03998 Utp11 Family 10 229 7.9e-61 206.8 Utp11 protein
XP_057784728.1 Pfam PF03998 Utp11 Family 10 229 7.9e-61 206.8 Utp11 protein
XP_057784729.1 Pfam PF03998 Utp11 Family 10 229 7.9e-61 206.8 Utp11 protein
XP_057784730.1 Pfam PF03998 Utp11 Family 10 229 7.9e-61 206.8 Utp11 protein
XP_057784734.1 Pfam PF03998 Utp11 Family 10 229 7.9e-61 206.8 Utp11 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928751.1
GCTACAATCTCCTTATCTTCGACGCACACGCTCCTTATTCACGGCCGCGGCGGTGCTGACTGCTGACCTCCGATTCTTAACCCTACATCAACCCGTCAGCCGCGCTTCTGCTGTCGCCGTCGGCGCCTCTTCCCACCGGCCACCGGCGCCACTTATCCCTCGGTCTACGGCGCCTCTGTGGGACCCTGTTTGAGCTACCCCTCGGTCCACAGATATTCTTCACGTCGGCTCACCGGTCACCGTTGCAGTCGCCTCACCGG...
XM_057928747.1
TTATCTTCGACGCACACGCTCCTTATTCACGGCCGCGGCGGTGCTGACTGCTGACCTCCGATTCTTAACCCTACATCAACACTCAGCCCGTCAGCCGCGCTTCTGCTGTCGCCGTCGGCGCCTCTTCCCACCGGCCACCGGCGCCACTTATCCCTCGGTCTACGGCGCCTCTGTGGGACCCTGTTTGAGCTACCCCTCGGTCCACAGATATTCTTCACGTCGGCTCACCGGTCACCGTTGCAGTCGCCTCACCGGTCGTC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131002234
ATGTCGTCTTTGAGGAATGCTCTCCCGAGAAAAGCTCACAAGGAGCGTTCTCAGCCGCATTCGAGGAAGAAATTTGGGCTGCTTGAGAAGCATAAGGACTATGTCGAACGTGCACGTGCCTTCCACAGAAAAGAGGAAACATTGCAAAAACTCAAGGAAAAGGCGGCGTTTAGGAATCCGGATGAGTTTTACTTCAAGATGATTAAATCAAAAACTGTTCGTGGAGTCCACAGAGAGGAGGGTGAAGCGAACAAGTACAC...
LOC131002234
ATGTCGTCTTTGAGGAATGCTCTCCCGAGAAAAGCTCACAAGGAGCGTTCTCAGCCGCATTCGAGGAAGAAATTTGGGCTGCTTGAGAAGCATAAGGACTATGTCGAACGTGCACGTGCCTTCCACAGAAAAGAGGAAACATTGCAAAAACTCAAGGAAAAGGCGGCGTTTAGGAATCCGGATGAGTTTTACTTCAAGATGATTAAATCAAAAACTGTTCGTGGAGTCCACAGAGAGGAGGGTGAAGCGAACAAGTACAC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057784727.1
MSSLRNALPRKAHKERSQPHSRKKFGLLEKHKDYVERARAFHRKEETLQKLKEKAAFRNPDEFYFKMIKSKTVRGVHREEGEANKYTKEELMLMKTQDIGYILQKLQTEKKKIEKLNATLHSVDNQSSTQHVYYAEDRTEAREVRAQASEHRENHSFEDLPKDIKRKTIASYRELEARRSRVKELEKIYMDMAMQKELQKKGRKRKLREDEIVCPTAGPVFKWRQERKR
XP_057784728.1
MSSLRNALPRKAHKERSQPHSRKKFGLLEKHKDYVERARAFHRKEETLQKLKEKAAFRNPDEFYFKMIKSKTVRGVHREEGEANKYTKEELMLMKTQDIGYILQKLQTEKKKIEKLNATLHSVDNQSSTQHVYYAEDRTEAREVRAQASEHRENHSFEDLPKDIKRKTIASYRELEARRSRVKELEKIYMDMAMQKELQKKGRKRKLREDEIVCPTAGPVFKWRQERKR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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