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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004418`

染色体: Chr01 坐标: 62311917-62313519 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004418`
名称	SmilChr01G004418
描述	lycopene beta cyclase, chloroplastic/chromoplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	62311917 - 62313519 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131002488`
GeneID	`131002488`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131002488`
原始查询	`LOC131002488`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lycopene beta cyclase, chloroplastic/chromoplastic
产物	lycopene beta cyclase%2C chloroplastic/chromoplastic
Arabidopsis	`AT3G10230` (LYC) lycopene cyclase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820185] identity=78; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0190600` (OsLCYb) - identity=71.2; qcov=0.917; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016117 (carotenoid biosynthetic process); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen)
KEGG	smil00906 (Carotenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05834 (Lycopene_cycl)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131002488

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057784954.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.60000	`XP_057784954.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057784954.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784954.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784954.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:62312032`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,C8
`Chr1:62312068`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B93
`Chr1:62312565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr1:62312747`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr1:62312947`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	70	A1,A11,A14,A15,A19,A22,A23,A3,B10,B102,B11,B112,B114,B115,B120,B121,B122,B126,B131,B133,B138,B139,B18,B24,B28,B29,B30,B32,B44,B46,B48,B51,B56,B68,B69,B70,B71,B74,B87,B94,B96,C1,C11,C12,C14,C17,C19,C21,C26,C30,C32,C33,C35,C37,C40,C41,C45,C50,C52,C55,C6,C60,C68,C69,C70,C87,D3,D4,D5,D8
`Chr1:62312962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B19,B21,B76,C24
`Chr1:62312966`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B75
`Chr1:62313105`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B75
`Chr1:62313182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:62313254`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr1:62313269`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr1:62313290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B133,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784954.1

504 aa

252

504

Lycopene_cycl

PF05834 Lycopene_cycl 89-481 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784954.1`	Pfam	`PF05834`	Lycopene_cycl	Family	89	481	5.3e-149	497.1	Lycopene cyclase protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928971.1
ATGGATACTTTGCTCAAGACCCATAATAGGATTCAGTTCCTGCACCCAGTTCACGGGGTTGCAGATAAAGCTAGTGGTTTTGGCTCATTTAAGGGTCATTGTTTTGTATCAAAGTCTCAATTTAAGAAACCCCATATCAAATTGAGCAAGGGTTTGTGTGTGAAGGCTAGTTCTAGTGCCCTATTGGAGCTTGTGCCTGAAACCAAGAAGGAAAATCTTGATTTTGAGCTGCCCTTGTACGACCCTTCGAAGGGCGTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131002488
ATGGATACTTTGCTCAAGACCCATAATAGGATTCAGTTCCTGCACCCAGTTCACGGGGTTGCAGATAAAGCTAGTGGTTTTGGCTCATTTAAGGGTCATTGTTTTGTATCAAAGTCTCAATTTAAGAAACCCCATATCAAATTGAGCAAGGGTTTGTGTGTGAAGGCTAGTTCTAGTGCCCTATTGGAGCTTGTGCCTGAAACCAAGAAGGAAAATCTTGATTTTGAGCTGCCCTTGTACGACCCTTCGAAGGGCGTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784954.1
MDTLLKTHNRIQFLHPVHGVADKASGFGSFKGHCFVSKSQFKKPHIKLSKGLCVKASSSALLELVPETKKENLDFELPLYDPSKGVVIDLAVVGGGPAGLAVAQQVSEAGLSVCSIDPSPKLIWPNNYGVWVDEFEAMDLLDCLDTTWSGAVVYIDDKTTKNLDRPYGRVNRKQLKSKMMQKCISNGVKFHQAKVVKVIHEESKSLLICNDGVTIQAAVVLDATGFSRCLVQYDKPYNPGYQVAYGILAEVEEHPFDVDK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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