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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004422`

染色体: Chr01 坐标: 62329403-62332448 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004422`
名称	SmilChr01G004422
描述	DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	62329403 - 62332448 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131002516`
GeneID	`131002516`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131002516`
原始查询	`LOC131002516`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A-like
产物	DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A-like
Arabidopsis	`AT3G57080` (NRPE5) Eukaryotic rpb5 RNA polymerase subunit family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824875] identity=61.9; qcov=0.925; evalue=2.16e-91; confidence=high
Rice	`Os12g0139500` - identity=52.2; qcov=1; evalue=5.58e-81; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003899 (DNA-directed RNA polymerase activity); GO:0006351 (DNA-templated transcription)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01191 (RNA_pol_Rpb5_C); PF03871 (RNA_pol_Rpb5_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131002516

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057784979.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057784979.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057784979.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784979.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784979.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:62329645`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr1:62329654`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B20,B24
`Chr1:62331877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784979.1

227 aa

114

227

RNA_pol_Rpb5_N

RNA_pol_Rpb5_C

PF03871 RNA_pol_Rpb5_N 30-112 aa PF01191 RNA_pol_Rpb5_C 154-226 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784979.1`	Pfam	`PF03871`	RNA_pol_Rpb5_N	Domain	30	112	3.9e-20	73.0	RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain
`XP_057784979.1`	Pfam	`PF01191`	RNA_pol_Rpb5_C	Domain	154	226	5e-30	103.8	RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928996.1
TTATTTACTCTTACAAAAAAATGGTATACTTTAATATATATATGTATATATATTGGAGGAGTAATAGTGGAATTTAAACCATTAAACCCAAAGTTTATACAAATTGAAATTGCACTCGAAATTCTTTCAAAATAAAAAGAAAAAAAAGAAATTGCACTCGAAATAAAAGGAACACTTTTTTTTTTGCGACAGTAAAATCCAAAGGAAAACATCATCCGCACCCAATTTACCTAACCCTACTTTCTCCCCTGGAAGCCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131002516
ATGACAGAAGCGATGGACGTCGACGGCGCCGGCGGCGAAGAGAACTTTCGGAGTTGCCTGAGCAGCTTGATGGACACCGGCACCGTTGAGAGCCACAGATACTATCTGGCTCGGAAAACGCTGCTCGAAATGCTTAGGGATCGTGGATTCGCGGTGCCCAATTGTGAGATTGAGGTTTCTCTTGGAGAATTCCGCACTAAGCATGGCGATAATCCTGATGTCGATGGATTAAGGATTTCTTCTCTTCACAAGGACGATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784979.1
MTEAMDVDGAGGEENFRSCLSSLMDTGTVESHRYYLARKTLLEMLRDRGFAVPNCEIEVSLGEFRTKHGDNPDVDGLRISSLHKDDPSIKALVLFCEPGIVKVNVVRGIAARISQEGLDRLILVVQSKITSQASKAVELFPFKVEIFQITDLLVNVTKHELKPKHQVLTNAEKEKLLKQYSIEEKQLPRMLLKDAIARYYGLEKGQVVKVTYGGELTQLHVTYRCVW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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