Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004426`

染色体: Chr01 坐标: 62364621-62371979 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004426`
名称	SmilChr01G004426
描述	condensin-1 complex subunit CAP-D2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	62364621 - 62371979 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131002556`
GeneID	`131002556`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131002556`
原始查询	`LOC131002556`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	condensin-1 complex subunit CAP-D2
产物	condensin-1 complex subunit CAP-D2
Arabidopsis	`AT3G57060` (AT3G57060) binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824873] identity=70.9; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0659500` (P0496C02.109) - identity=61.4; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000278 (mitotic cell cycle); GO:0000779 (condensed chromosome, centromeric region); GO:0005634 (nucleus); GO:0007076 (mitotic chromosome condensation); GO:0010032 (meiotic chromosome condensation); GO:0042393 (histone binding)
KEGG	-
Pfam	PF12717 (Cnd1); PF12922 (Cnd1_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131002556

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057785011.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057785011.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057785011.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057785011.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057785011.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:62365470`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B65,C59,C87
`Chr1:62366238`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C52
`Chr1:62366238`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr1:62366510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr1:62366610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:62366700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B38,B39,B53,B70
`Chr1:62366801`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr1:62367134`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr1:62368195`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr1:62368196`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	59	A15,A16,A22,A5,B100,B114,B115,B117,B126,B127,B132,B137,B14,B18,B28,B29,B34,B36,B41,B48,B50,B51,B52,B54,B56,B57,B60,B67,B70,B78,B80,B83,B96,C14,C16,C18,C19,C21,C22,C23,C27,C35,C38,C4,C40,C42,C45,C47,C50,C54,C57,C6,C60,C71,C74,C77,C8,C84,C86
`Chr1:62368208`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	59	A15,A16,A22,A5,B100,B114,B115,B117,B126,B127,B132,B137,B14,B18,B28,B29,B34,B36,B41,B48,B50,B51,B52,B54,B56,B57,B60,B67,B70,B78,B80,B83,B96,C14,C16,C18,C19,C21,C22,C23,C27,C35,C38,C4,C40,C42,C45,C47,C50,C54,C57,C6,C60,C71,C74,C77,C8,C84,C86
`Chr1:62368361`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	85	A10,A15,A16,A21,A22,A3,A4,A5,B1,B100,B110,B114,B115,B117,B125,B126,B127,B129,B13,B138,B14,B18,B21,B22,B25,B29,B34,B36,B37,B40,B41,B48,B50,B51,B52,B54,B57,B58,B59,B60,B63,B64,B67,B7,B70,B78,B80,B83,B86,B96,B97,C1,C11,C14,C16,C19,C2,C22,C23,C26,C27,C29,C30,C38,C4,C40,C45,C47,C5,C50,C54,C57,C59,C60,C69,C71,C74,C76,C77,C78,C8,C86,D2,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785011.1

1343 aa

672

1343

Cnd1_N

Cnd1

PF12922 Cnd1_N 85-253 aa PF12717 Cnd1 994-1154 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057785011.1`	Pfam	`PF12922`	Cnd1_N	Repeat	85	253	1.8e-33	116.4	non-SMC mitotic condensation complex subunit 1, N-term
`XP_057785011.1`	Pfam	`PF12717`	Cnd1	Repeat	994	1154	7.5e-51	173.1	non-SMC mitotic condensation complex subunit 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057929028.1
GTTCAGATTTCATTTCAAACTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAAATGGCCCCACATTTCGTCTTCCCTCAAACTCTTACCTCCCTCGAAGAAGACAACGGCTCCGACAGCACAAAACTCACCGTTCAAAAGCCATTTCCTATTTCCTCTCTCCGGCCGCCGGAGCTGGAAGAATTTGTGAAAGGGGTTTCCTTCGATTTGTCGGACAAGGAGCTATTCTGCGTGGAAGAGCAGGAGGTTTTCGACCGCGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131002556
ATGGCCCCACATTTCGTCTTCCCTCAAACTCTTACCTCCCTCGAAGAAGACAACGGCTCCGACAGCACAAAACTCACCGTTCAAAAGCCATTTCCTATTTCCTCTCTCCGGCCGCCGGAGCTGGAAGAATTTGTGAAAGGGGTTTCCTTCGATTTGTCGGACAAGGAGCTATTCTGCGTGGAAGAGCAGGAGGTTTTCGACCGCGTGTATTCGTTGGTAAAGGGTTTCGCCGGCCTCAGCCTCGGTTGCAAGTTCAATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057785011.1
MAPHFVFPQTLTSLEEDNGSDSTKLTVQKPFPISSLRPPELEEFVKGVSFDLSDKELFCVEEQEVFDRVYSLVKGFAGLSLGCKFNLVEALRSNFSVLLPNVDSLCRRVSLSREEGSDEADDDQLAADRVASHRNAFKIYSFFLVHIVLIEESSLGSTNNAAKGVVYGRKKQPVNSWNWDAQRGRILSLIANSLEINLSLLFGSCDPDENYLSFIVKNGFSMFENPSLLKDPDAKDALCRIIGTCATKYHYITQSCASIM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器