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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001168

染色体: Chr01 坐标: 23722938-23723570 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001168
名称SmilChr01G001168
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向23722938 - 23723570 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002858
GeneID131002858
locus_tag-
NCBI NameLOC131002858
原始查询LOC131002858

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisATMG00810
-
identity=35; qcov=0.762; evalue=1.46e-28; confidence=medium
RiceOs11g0656500
-
identity=45.3; qcov=0.757; evalue=7.1e-39; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002858

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057785362.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057785362.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057785362.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057785362.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057785362.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:23723027 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 4 A9,B11,B122,C42
Chr1:23723027 CG C 1bp_deletion CDS_variant 4 A9,B11,B122,C42
Chr1:23723059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B101,C16
Chr1:23723060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B24,C86
Chr1:23723071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B24,C86
Chr1:23723160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,C79
Chr1:23723167 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 10 A20,B102,B3,B73,B86,C24,C36,C49,C71,C78
Chr1:23723208 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:23723215 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B65,D11
Chr1:23723215 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D11
Chr1:23723241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr1:23723243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B93,B94,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929379.1
ATGCATCTTCTTATCAAGAAGTTCAAGATGCAAGATTGCAAGCCGGTCGTCACTCCTCTAATCCCAAATGAGAAGATAAAGAAAGAATACGGCACAAGGCCTACCGATGATACCAACTATCGGAGCTTAATTGGGAGTTACTTAACAACGACGAGGCCAGACATCATGTACGCCACAAGTCTTCTATCCAGATTTATGGAAAATTCGATGAAAACACACTATGGAGCAACAAAAAGACTCCTCAGATATCTGCAAGGAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131002858
ATGCATCTTCTTATCAAGAAGTTCAAGATGCAAGATTGCAAGCCGGTCGTCACTCCTCTAATCCCAAATGAGAAGATAAAGAAAGAATACGGCACAAGGCCTACCGATGATACCAACTATCGGAGCTTAATTGGGAGTTACTTAACAACGACGAGGCCAGACATCATGTACGCCACAAGTCTTCTATCCAGATTTATGGAAAATTCGATGAAAACACACTATGGAGCAACAAAAAGACTCCTCAGATATCTGCAAGGAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057785362.1
MHLLIKKFKMQDCKPVVTPLIPNEKIKKEYGTRPTDDTNYRSLIGSYLTTTRPDIMYATSLLSRFMENSMKTHYGATKRLLRYLQGTLNYGIWYKSSSDSQLVGYCYSDWAGSQDDMKSTSGYVFKLGSGVFSWGSKKQDSVALSSIEAEYVAATGATCQLYGLKEYWKTWENYKNWQPRFTAITSQLSQCPRIQFNIITQSTLTSSITS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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