当前解析结果
SmilChr01G001168| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001168 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001168 |
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 23722938 - 23723570 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131002858 |
|---|---|
| GeneID | 131002858 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131002858 |
| 原始查询 | LOC131002858 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 产物 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| Arabidopsis | ATMG00810- identity=35; qcov=0.762; evalue=1.46e-28; confidence=medium |
| Rice | Os11g0656500- identity=45.3; qcov=0.757; evalue=7.1e-39; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131002858 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057785362.1 |
| 2 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057785362.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057785362.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057785362.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057785362.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:23723027 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A9,B11,B122,C42 |
Chr1:23723027 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | A9,B11,B122,C42 |
Chr1:23723059 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,B101,C16 |
Chr1:23723060 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,B24,C86 |
Chr1:23723071 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,B24,C86 |
Chr1:23723160 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B134,C79 |
Chr1:23723167 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 10 | A20,B102,B3,B73,B86,C24,C36,C49,C71,C78 |
Chr1:23723208 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr1:23723215 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B65,D11 |
Chr1:23723215 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,D11 |
Chr1:23723241 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr1:23723243 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B93,B94,C27 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。