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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004467

染色体: Chr01 坐标: 62755636-62759000 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004467
名称SmilChr01G004467
描述uncharacterized SmilChr01G004467
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62755636 - 62759000 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131003015
GeneID131003015
locus_tag-
NCBI NameLOC131003015
原始查询LOC131003015

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824842]; symbol=AT3G56750; hit=AT3G56750; species=arabidopsis; confidence=high
产物plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824842]; symbol=AT3G56750; hit=AT3G56750; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G56750 (AT3G56750)
plant/protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824842]
identity=68.6; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0366700
-
identity=73.3; qcov=0.825; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131003015

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057785472.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057785472.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057785472.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057785472.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057785472.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62755842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,C78
Chr1:62755853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr1:62755920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C27
Chr1:62756037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B136,B15,C62,D10
Chr1:62756054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr1:62756055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr1:62756378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B55,C23,C64,C66
Chr1:62758327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929489.1
ATCACTATTATTCAGTTGGATACATATCTTTCGACCATTATGATGATTAATTAGCTTCTAATCTTCCACGAATTGATTGTTACTTTTTCATAAAAATTAAATTAAATTAAATTATGATTGTTACTTTTTCATAAAAATTAAATTGCATCAATTTTGCCTCTTCGCTTTTTTTTTTTTTTTGGTGTGAATTCCAATAAAACGTAAAAAAAAACGAAAGAAACAAATAAAATAATCAAGCTATCAAGAAACAGATCCAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131003015
ATGGCGATCCACAAAATCCACCCGAAAGCGAAATTAACAAAGCCCAGATCTTCAATCTTCATACTCACAGCTTCGATCGCGTGCATTGCAGTGTTGTACCTCGTGTCGTCTCTGGTTTCGGCGCCCGGCAGCATACAGAATATCGTACCCCAAAATCGCCACACTTTGCACGACAAGTACTTGTATTGGGGGAGCAGAATTGACTGCCCCGGAAAGCACTGCGACTCTTGCGAGGGTTTAGGGCACCAAGAGTCCAGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057785472.1
MAIHKIHPKAKLTKPRSSIFILTASIACIAVLYLVSSLVSAPGSIQNIVPQNRHTLHDKYLYWGSRIDCPGKHCDSCEGLGHQESSLRCALEEALFLGRTFVMPSRLCINPIHNKKGILHQSGNVVSEEGWAGNSCGMDSLYDLDFMSNTVPVILDNSKTWHHVLTTSMKLGSRGIAHVRGVSRTDLQQKKMYSNLLLINRTASPLSWFMECKDRNNRSSIMLPYSFLPSMAAKKLRDAAEKIKAHLGDYDAIHVRRGDK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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