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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001176`

染色体: Chr01 坐标: 23815457-23819500 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001176`
名称	SmilChr01G001176
描述	uncharacterized SmilChr01G001176
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	23815457 - 23819500 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131003027`
GeneID	`131003027`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131003027`
原始查询	`LOC131003027`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=27.7; qcov=0.324; evalue=2.8e-39; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=29.8; qcov=0.589; evalue=1.62e-107; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131003027

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057785506.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057785506.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057785506.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057785506.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057785506.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:23815473`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr1:23815507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B133,B37,C69
`Chr1:23815530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,D7
`Chr1:23815548`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr1:23815550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B108,B109,B113,C7
`Chr1:23815550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B109,B113,C7
`Chr1:23815558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B133,B37,C69
`Chr1:23815576`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B133,B37,C69
`Chr1:23815579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B133,B37,C20,C69
`Chr1:23815608`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,C20,C3
`Chr1:23815642`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,C3
`Chr1:23815704`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B12,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785506.1

1347 aa

674

1347

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 469-726 aa PF13966 zf-RVT 992-1066 aa PF13456 RVT_3 1196-1315 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057785506.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	469	726	8.6e-29	101.6	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057785506.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	992	1066	1.2e-13	52.2	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057785506.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1196	1315	1.4e-18	67.7	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057929523.1
ATGGGCATTTATGAACCTAAGAATGATTTTTCCAAAATTCCAGTTGCTTACTGGAATTCCATCGGTCTGTTTCCGACTTTTCAAAACTTTCGGCAAGGACGGAGCCCGAATATCTGGGTCTGCGCGGCGCCGCATGTTACTGTCTCTTTGGCTTTCTCTTCTAGCCAAACTATTATTGTGGATTGCTCTTGGAATAACATTTCATTCCGGGCTGCTTTTATTCATGGAGATAATTCGCATACTGAACGTCGACTTCTGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131003027
ATGGGCATTTATGAACCTAAGAATGATTTTTCCAAAATTCCAGTTGCTTACTGGAATTCCATCGGTCTGTTTCCGACTTTTCAAAACTTTCGGCAAGGACGGAGCCCGAATATCTGGGTCTGCGCGGCGCCGCATGTTACTGTCTCTTTGGCTTTCTCTTCTAGCCAAACTATTATTGTGGATTGCTCTTGGAATAACATTTCATTCCGGGCTGCTTTTATTCATGGAGATAATTCGCATACTGAACGTCGACTTCTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057785506.1
MGIYEPKNDFSKIPVAYWNSIGLFPTFQNFRQGRSPNIWVCAAPHVTVSLAFSSSQTIIVDCSWNNISFRAAFIHGDNSHTERRLLWIDLLNHVVEKTVFIGDFNAVKGAHERKSTCLPNGTSCREFGDFIAASGLIESNTTGLFFTWCGRRNLPSHVESVLDRGFFSSDFANLWDSLNTHVLPRFSSDHSPLILQCMERAAVKRRPFKFLNMWLVHQDFREFVKTSWHADLSITCPILKIMVKLKRLRSSLKGWNKEVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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