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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004496

染色体: Chr01 坐标: 63072597-63075081 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004496
名称SmilChr01G004496
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27110
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63072597 - 63075081 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131003209
GeneID131003209
locus_tag-
NCBI NameLOC131003209
原始查询LOC131003209

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27110
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27110
ArabidopsisAT5G27110 (AT5G27110)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832769]
identity=51.1; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0977400
-
identity=34.8; qcov=0.909; evalue=1.03e-127; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131003209

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057785669.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057785669.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057785669.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057785669.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057785669.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63072857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:63072877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C47
Chr1:63072937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr1:63073209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:63073226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr1:63073255 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C8
Chr1:63073255 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C8
Chr1:63073606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C22
Chr1:63073739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C47
Chr1:63073895 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:63073914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,B92
Chr1:63073939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785669.1
711 aa
N
1
356
711
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
C
PF01535 PPR 74-98 aa PF01535 PPR 147-173 aa PF13041 PPR_2 173-220 aa PF13812 PPR_3 173-221 aa PF01535 PPR 176-205 aa PF01535 PPR 249-271 aa PF01535 PPR 276-303 aa PF13041 PPR_2 375-422 aa PF01535 PPR 377-407 aa PF01535 PPR 450-476 aa PF13812 PPR_3 476-522 aa PF13041 PPR_2 476-523 aa PF01535 PPR 478-506 aa PF01535 PPR 513-538 aa PF01535 PPR 551-572 aa PF20431 E_motif 594-656 aa PF01535 PPR 623-646 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 74 98 3.9e-70 228.1 PPR repeat
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 147 173 3.9e-70 228.1 PPR repeat
XP_057785669.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 173 220 5.8e-76 251.1 PPR repeat family
XP_057785669.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 173 221 1.4e-27 96.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 205 3.9e-70 228.1 PPR repeat
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 249 271 3.9e-70 228.1 PPR repeat
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 276 303 3.9e-70 228.1 PPR repeat
XP_057785669.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 375 422 5.8e-76 251.1 PPR repeat family
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 377 407 3.9e-70 228.1 PPR repeat
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 450 476 3.9e-70 228.1 PPR repeat
XP_057785669.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 476 522 1.4e-27 96.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057785669.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 476 523 5.8e-76 251.1 PPR repeat family
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 478 506 3.9e-70 228.1 PPR repeat
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 513 538 3.9e-70 228.1 PPR repeat
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 551 572 3.9e-70 228.1 PPR repeat
XP_057785669.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 594 656 8.4e-17 61.9 E motif
XP_057785669.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 623 646 3.9e-70 228.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929686.1
CGTACACACAAAATAAGTTAAACTATTTATTTGCATAAGGGTCCCTAGAATATATATTATTTCCACTAGCATCCCCAACTACCAAGACTGCTGTTTTTCTTTTTTGTTTTTCCGAAAAGGAACAACAAAGGCTTAAATCTTTCCATTTAGTTTTCTTACATGGACAACATCGCCACAAGATTAATACATCTCGCCAACTCCTTAAGCCATGCGAAGTCGTTGAAGCAAATCAAAGCTCTTCATCAAAAAGCCATCATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131003209
ATGGACAACATCGCCACAAGATTAATACATCTCGCCAACTCCTTAAGCCATGCGAAGTCGTTGAAGCAAATCAAAGCTCTTCATCAAAAAGCCATCATTTTCGGCTTACAGAGCAACACACCCTTGTGCAAAAAAATCATCAATCTATACATCACGCGCGGCGCATATCGATCCGCAAATTCAGTTTTCCGGAGCATCGAAAATCCGTTAGACATCACGTTATGGAATGGTTTGATGTCGGCATACGCAAAGAACTCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057785669.1
MDNIATRLIHLANSLSHAKSLKQIKALHQKAIIFGLQSNTPLCKKIINLYITRGAYRSANSVFRSIENPLDITLWNGLMSAYAKNSMFSDALSLFETLLSFPHLKPNEYTYPSLLKACGGLRRVDYGEKIHTHLMKTGFLSDVVIASSLMSGYAKCGVFACALKLFDEMPDRDLACWNNVISCYYQSGQWEKALEYFERMRSSGLKPDSVSFTTAISSCGRMLDSERGARIHEQVSSSGLAMDDYVSAALVDMYGKCGCT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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