Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004514`

染色体: Chr01 坐标: 63262823-63264260 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004514`
名称	SmilChr01G004514
描述	protein ROOT PRIMORDIUM DEFECTIVE 1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	63262823 - 63264260 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131003531`
GeneID	`131003531`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131003531`
原始查询	`LOC131003531`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ROOT PRIMORDIUM DEFECTIVE 1
产物	protein ROOT PRIMORDIUM DEFECTIVE 1
Arabidopsis	`AT5G45790` (AT5G45790) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834619] identity=52.8; qcov=0.962; evalue=2.68e-142; confidence=high
Rice	`Os02g0464400` - identity=48.1; qcov=0.884; evalue=2.95e-119; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF11955 (PORR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131003531

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057786023.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057786023.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057786023.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057786023.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057786023.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:63262928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr1:63262986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr1:63263260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,B50
`Chr1:63263296`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr1:63263831`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B139,C38,C50
`Chr1:63263837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C57
`Chr1:63263840`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B55,C23,C48
`Chr1:63263864`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C25
`Chr1:63264070`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B52,B78
`Chr1:63264070`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B52,B78
`Chr1:63264101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786023.1

421 aa

210

421

PORR

PF11955 PORR 45-380 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057786023.1`	Pfam	`PF11955`	PORR	Family	45	380	4.7e-95	319.0	Plant organelle RNA recognition domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057930040.1
ATTTAAATAATATTATGTGGCACTTGATTTGTAATTAAAACACAGAATTCCAACAAATGCCAAAAACCTTTGTTTAAGGATACATTGCAGCACAAATTCAAACATACACTGAACCTGAGGTGTCTGCTCCGGCGGTATGAGAATCCTAAACAAAATCGCCGCCGCATCGCACTCTCCATTCTCCGGGGGGCCGTTTACCGCCGCAATCCAAATCCGTTTCAAGAAGCCCGCCAACACAGCCCAGACCCGTCTAGAGACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131003531
ATGAGAATCCTAAACAAAATCGCCGCCGCATCGCACTCTCCATTCTCCGGGGGGCCGTTTACCGCCGCAATCCAAATCCGTTTCAAGAAGCCCGCCAACACAGCCCAGACCCGTCTAGAGACCCGAACCCTTGACCCCAAGCTCGACCGCCTCGCCTCCCACCACCGCCGCCTCCTCCTCGTCCTCAGCCTCTACGACCTCGTCGCCGCCAAGAAACGCGGCCCCTTCGTCTCCGTCAACCTCCTCTCCCGGTGGGCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057786023.1
MRILNKIAAASHSPFSGGPFTAAIQIRFKKPANTAQTRLETRTLDPKLDRLASHHRRLLLVLSLYDLVAAKKRGPFVSVNLLSRWAPHAGVDTLTAGELIRKYPHVFEAFTHPVRRNACCKFTWKFVELLKLEDEILLKMEDANVIKIKKILAMSENGRIHIHAIRLMRRELGLPENFRDSIIRKRTEIFRMVDLEIVELIDWDEREKEGEVSFTAEVEKWREREYREKWLSEFETKYAFPIDFPTGFKIVAGFKEKLKN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器