Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001203`

染色体: Chr01 坐标: 24250444-24252725 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001203`
名称	SmilChr01G001203
描述	uncharacterized SmilChr01G001203
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	24250444 - 24252725 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131003854`
GeneID	`131003854`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131003854`
原始查询	`LOC131003854`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841040]; symbol=AT1G44760; hit=AT1G44760; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841040]; symbol=AT1G44760; hit=AT1G44760; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G44760` (AT1G44760) Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841040] identity=57.1; qcov=1.07; evalue=2.6e-60; confidence=high
Rice	`Os05g0428400` - identity=63.4; qcov=0.741; evalue=1.42e-45; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00582 (Usp)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131003854

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057786421.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057786421.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057786421.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057786421.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057786421.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:24251386`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	20	A13,A15,B10,B21,B28,B29,B41,B67,B8,B84,B93,C13,C15,C22,C45,C5,C59,C7,C77,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786421.1

166 aa

166

Usp

PF00582 Usp 47-144 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057786421.1`	Pfam	`PF00582`	Usp	Domain	47	144	4.6e-08	34.4	Universal stress protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057930438.1
CCCAAATATTTGTTTATTTTATCATTCATTTATGCAAATGTACCAAATCTAGTTTCGTTGCTCAATCTTTCTTGAATATCTTAGTGTTATAAACTCCTCTTTATTTATTTTTAGATGAGATCAACTCATAGTTAATACTTGTACATAAATTACGAAGATTGATATATTTTATATTTGAATTTATAGCCTTTCTTTACCCGAAGTAGTCGACGTGAAAGTTAAGGTGAGGGTTAAAAGTTTTGCCCAAAATATGAAGAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131003854
ATGGAGAGGTCAGATTCATTTCTCAGGCAGCTAAGCAGCAAGGAAGGTTGGAAATCAGCATCAAAGAGGTGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGGGTGGAAGCAGGTGGAGGGGATGTATGGTGAGATGATGATGAAGAAGAGAGTGATGGTGGTGGTGGATCAGTCCTCACATTCCAAGCATGCGATGATGTGGGCTCTCACTCATGTCACTAACAAGGCTGACATTCTCACTCTTCTTCACATTGTTTCTTCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057786421.1
MERSDSFLRQLSSKEGWKSASKRWGGGGGGGGGWKQVEGMYGEMMMKKRVMVVVDQSSHSKHAMMWALTHVTNKADILTLLHIVSSSSHSASSSHLASSLASLCNACKPQVEVEALAIQGPKMETVMSQVKKLEVSVLVLGQKHPSPFLNWLQDEFVEKKCINHLE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器