当前解析结果
SmilChr01G004531| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004531 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004531 |
| 描述 | membrane steroid-binding protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 63491463 - 63493123 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131003981 |
|---|---|
| GeneID | 131003981 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131003981 |
| 原始查询 | LOC131003981 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | membrane steroid-binding protein 2-like |
| 产物 | membrane steroid-binding protein 2-like |
| Arabidopsis | AT3G48890 (MAPR3)membrane-associated progesterone binding protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824050] identity=63.1; qcov=0.884; evalue=1.98e-73; confidence=high |
| Rice | Os03g0321000- identity=53.4; qcov=0.995; evalue=2.14e-63; confidence=high |
| GO | GO:0012505 (endomembrane system); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00173 (Cyt-b5) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131003981 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057786539.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.60000 | XP_057786539.1 |
| 3 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057786539.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057786539.1 |
| 5 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057786539.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:63491724 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr1:63491825 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B81,C12,C38 |
Chr1:63492707 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,B57,C27,C55,C8 |
Chr1:63492747 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 16 | A9,B10,B123,B127,B133,B15,B22,B38,B66,B90,B92,B97,C1,C22,C64,C66 |
Chr1:63492815 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 110 | A10,A15,A16,A18,A20,A21,A23,A24,A3,A5,A6,A9,B1,B10,B101,B104,B108,B109,B113,B114,B119,B12,B123,B125,B127,B13,B133,B134,B140,B15,B16,B17,B2,B21,B22,B28,B30,B32,B34,B38,B4,B42,B43,B44,B47,B48,B5,B56,B57,B66,B69,B7,B70,B75,B77,B79,B80,B82,B86,B88,B90,B92,B96,B97,C1,C11,C13,C15,C18,C19,C2,C22,C25,C26,C27,C28,C3,C31,C32,C35,C37,C40,C41,C47,C5,C50,C55,C58,C59,C60,C63,C64,C66,C68,C69,C72,C73,C75,C79,C8,C83,C86,C87,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D9 |
Chr1:63492873 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr1:63492877 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B57,B88,C27,C55,C8 |
Chr1:63492936 |
A |
AGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 38 | A15,A16,A18,A3,B1,B10,B107,B113,B123,B140,B28,B32,B39,B47,B5,B66,B69,B7,B75,B90,C1,C11,C2,C32,C35,C47,C5,C50,C59,C60,C64,C69,C73,C75,C81,C86,C87,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057786539.1PF00173
Cyt-b5 68-162 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057786539.1 |
Pfam | PF00173 |
Cyt-b5 | Domain | 68 | 162 | 2.2e-11 | 44.3 | Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。