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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004498

染色体: Chr01 坐标: 63079386-63083150 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004498
名称SmilChr01G004498
描述uncharacterized SmilChr01G004498
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63079386 - 63083150 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131003987
GeneID131003987
locus_tag-
NCBI NameLOC131003987
原始查询LOC131003987

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述MBOAT (membrane bound O-acyl transferase) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842136]; symbol=AT1G57600; hit=AT1G57600; species=arabidopsis; confidence=medium
产物MBOAT (membrane bound O-acyl transferase) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842136]; symbol=AT1G57600; hit=AT1G57600; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G57600 (AT1G57600)
MBOAT (membrane bound O-acyl transferase) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842136]
identity=60.5; qcov=0.713; evalue=3.33e-46; confidence=medium
RiceOs05g0144000
-
identity=59; qcov=0.701; evalue=9.15e-42; confidence=medium
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0016746 (acyltransferase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131003987

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057786542.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057786542.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057786545.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057786542.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057786545.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63079729 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B64
Chr1:63079729 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B64
Chr1:63081239 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D7
Chr1:63081239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:63081389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:63082126 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 66 A1,A10,A13,A3,A5,A6,B109,B11,B113,B114,B115,B119,B120,B124,B126,B138,B139,B14,B24,B26,B27,B29,B30,B32,B4,B48,B49,B5,B52,B53,B59,B6,B61,B62,B71,B73,B83,B9,B90,B91,B95,B96,B98,C10,C11,C16,C21,C26,C29,C39,C4,C41,C44,C45,C46,C47,C52,C57,C63,C69,C76,C77,C79,C81,D5,D9
Chr1:63082695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:63082727 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B57
Chr1:63082727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057930566.1
CCCCCTTCTCTCTCTCGTCCTTCATCTCCCCAGCTTTCTCTCTCTCTCAACTCCGGCCATAGAAGCACGCCTTCCCTCTGTCCTCTGCGGCCGCAGCAACGATAGACACCAAGCTCGTCGCATTTCCCTCGTCTCCCTCTCAATCCCCTCTCTCTCTGACTCAACCATAGAGCACGCACGCACACCACACCGCGCCTGAAAATCCTAGATCTATAATCTACAGCCATCTCCCCGTCGATTCCTGTCGACCGCACGGCGGG...
XM_057930559.1
CCCCCTTCTCTCTCTCGTCCTTCATCTCCCCAGCTTTCTCTCTCTCTCAACTCCGGCCATAGAAGCACGCCTTCCCTCTGTCCTCTGCGGCCGCAGCAACGATAGACACCAAGCTCGTCGCATTTCCCTCGTCTCCCTCTCAATCCCCTCTCTCTCTGACTCAACCATAGAGCACGCACGCACACCACACCGCGCCTGAAAATCCTAGATCTATAATCTACAGCCATCTCCCCGTCGATTCCTGTCGACCGCACGGCGGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131003987
ATGGAGTCCAGATCCGAATGCAGCCAGAACACCAAGTCAGGTGGTGCCGGAGCGATGCTCTGGATGACATGTGTTTTTCTAAATCTGAAGCTTGGCGATTGCCTTACCAGGTATCACCACGCAAAGCTATATGGTTTGCGCCTTGGTTGGATCTTCGGCCGCTTTATTATATTTGGAAGGACAAAATACTTCTTATATGGGCTATGGATCTTTAACCTATCATTTCTTGTGTGTAATCGCATTTATGAGGGATATCGGTT...
LOC131003987
ATGCAGCCAGAACACCAAGTCAGGTGGTGCCGGAGCGATGCTCTGGATGACATGTGTTTTTCTAAATCTGAAGCTTGGCGATTGCCTTACCAGATCACCACGCAAAGCTATATGGTTTGCGCCTTGGTTGGATCTTCGGCCGCTTTATTATATTTGCTTATGCAGATATTTGGAAGGACAAAATACTTCTTATATGGGCTATGGATCTTTAACCTATCATTTCTTGTGTGTAATCGCATTTATGAGGGATATCGGTTCTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057786542.1
MQPEHQVRWCRSDALDDMCFSKSEAWRLPYQITTQSYMVCALVGSSAALFILFIFGIASANFFLVKIFGRTKYFLYGLWIFNLSFLVCNRIYEGYRFSSFGEHWAYLDDFRGTFRWHICFNFVVLRMISFGHDYHWTDQYSGSDHKKHIQRCDHCSTGKTCYLVLQERRVTNDKLLSC
XP_057786545.1
MESRSECSQNTKSGGAGAMLWMTCVFLNLKLGDCLTRYHHAKLYGLRLGWIFGRFIIFGRTKYFLYGLWIFNLSFLVCNRIYEGYRFSSFGEHWAYLDDFRGTFRWHICFNFVVLRMISFGHDYHWTDQYSGSDHKKHIQRCDHCSTGKTCYLVLQERRVTNDKLLSC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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