Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004515`

染色体: Chr01 坐标: 63273184-63275104 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004515`
名称	SmilChr01G004515
描述	50S ribosomal protein 5, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	63273184 - 63275104 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131004051`
GeneID	`131004051`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131004051`
原始查询	`LOC131004051`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	50S ribosomal protein 5, chloroplastic
产物	50S ribosomal protein 5%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G56910` (PSRP5) plastid-specific 50S ribosomal protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824858] identity=58.8; qcov=0.664; evalue=2.63e-06; confidence=low
Rice	`Os01g0278900` - identity=58.3; qcov=0.493; evalue=5.65e-09; confidence=low
GO	-
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF28578 (PSRP5_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131004051

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057786612.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057786612.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057786612.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057786612.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057786612.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:63274576`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr1:63274615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr1:63274631`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr1:63274813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786612.1

146 aa

146

PSRP5_C

PF28578 PSRP5_C 97-144 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057786612.1`	Pfam	`PF28578`	PSRP5_C	Domain	97	144	1.1e-22	80.6	Plastid-specific ribosomal protein 5 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057930629.1
GGAAAAGGGAAAATACATTACCCTATCTCTGTGCAAAACTCGTGTAAAAGACTCTTCACAAATCCCTTTTTTATTTTCGATTATTCAAAAATACTAGCAACAAAAATATATAGCGAGAGAAAGGCTTATCCATACTTTGGAAAAGCATTGGAGCAATGGCTCTCCTCTTCACCTCTCCTCTCTCCTCTCTTTCTCTAAATTCATCTTCAACTTCCAGAATTTCGGCTAAGCCTTGCTTCAGGGTGCCCCACAATGCCGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131004051
ATGGCTCTCCTCTTCACCTCTCCTCTCTCCTCTCTTTCTCTAAATTCATCTTCAACTTCCAGAATTTCGGCTAAGCCTTGCTTCAGGGTGCCCCACAATGCCGTTGCTATGCATCAAAGATCCTTCGTGGGAGGCCGGATTCAAGTGCCCTTTGTTCTCAGCAACGGAGGTGCATTGATCGTTAAGGCATCCTCTGATATCGATGGAACAGAGTCCACCACCCCGGAGTCTCCCACCCCTGCTTCAGATGGGAAAGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057786612.1
MALLFTSPLSSLSLNSSSTSRISAKPCFRVPHNAVAMHQRSFVGGRIQVPFVLSNGGALIVKASSDIDGTESTTPESPTPASDGKEKSTPVENLPLQSKVQELEQQRLKMKLAKKIRLRRKRLVRKRHLRKKGRWPPSKMKKNKNV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器