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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004556

染色体: Chr01 坐标: 63651415-63652425 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004556
名称SmilChr01G004556
描述uncharacterized SmilChr01G004556
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63651415 - 63652425 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004121
GeneID131004121
locus_tag-
NCBI NameLOC131004121
原始查询LOC131004121

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004121

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057786714.1
2 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057786714.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057786714.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057786714.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057786714.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63651535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,C33,C5
Chr1:63651546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,C36,D6
Chr1:63651582 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A1,B33,B52,B53,B99,C31
Chr1:63651589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr1:63651597 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A14,A22,A25,A9,B123,B127,B13,B131,B28,B35,B40,B47,B51,B57,B76,B79,B83,B93,C18,C19,C27,C59,C62,C65,C8,C80
Chr1:63651618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C79
Chr1:63651636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C15,C70,C82
Chr1:63651646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B24,B53,B94,C71
Chr1:63651662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C15
Chr1:63651667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B94
Chr1:63651678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B46,B53,B77,C85
Chr1:63651692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057930731.1
TATGCAGACGGTTGGATGGCTGATTTGAAGTTTCACTATAATCCGAATGAGGTCGACACTGACGCCTTCGTGGCGAGACAACTGAAGAGGAAGAAGAAGAAGCAGGCATCAAGCTCGGGTGTGCCAACAGAGCCGCCTATTGCGACTGATGCACCGCGATCTGACGTCCTCTCCGGTCGCTCCTCACGGAAACGGACTCCCACACCTGATGATGGTTGCTTATCCGATGGTTCTGTTCACGTAGTTCTACCTGTTGGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131004121
ATGGCTGATTTGAAGTTTCACTATAATCCGAATGAGGTCGACACTGACGCCTTCGTGGCGAGACAACTGAAGAGGAAGAAGAAGAAGCAGGCATCAAGCTCGGGTGTGCCAACAGAGCCGCCTATTGCGACTGATGCACCGCGATCTGACGTCCTCTCCGGTCGCTCCTCACGGAAACGGACTCCCACACCTGATGATGGTTGCTTATCCGATGGTTCTGTTCACGTAGTTCTACCTGTTGGTGCTTCGGCTCATACCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057786714.1
MADLKFHYNPNEVDTDAFVARQLKRKKKKQASSSGVPTEPPIATDAPRSDVLSGRSSRKRTPTPDDGCLSDGSVHVVLPVGASAHTEYNALSGQLEKLLLEEDRAVLNNYGDDEAYDVFASSAFAHYQHAIFMKQARLEHKRQLQDVRAAKARIENELVEAQKLVKQGQADLESLEASLQAQLASKDEEISRLKAELAEMEKNRELELFDACHEAVLKSRADMSQEVLDGSYKTWDNAENIRQWKVYQDKLSGVASSGDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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